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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000854

染色体: Chr05 坐标: 6739728-6749696 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000854
名称SmilChr05G000854
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6739728 - 6749696 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985566
GeneID130985566
locus_tag-
NCBI NameLOC130985566
原始查询SmilChr05G000854

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
产物mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
ArabidopsisAT4G04920 (SFR6)
sensitive to freezing 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825831]
identity=74.6; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0498700 (OsMed16_1)
-
identity=70.3; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0016592 (mediator complex)
KEGG-
PfamPF30926 (MED16_helical); PF30952 (MED16_beta-prop)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764586.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764586.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764586.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764586.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764586.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6740078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr5:6740132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B20,C62,C80
Chr5:6740159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B78,B93,C53
Chr5:6740181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B78,B93
Chr5:6740194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B9,C26
Chr5:6740232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A25,B127,B73,C55
Chr5:6743339 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B87,B88
Chr5:6743355 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B36
Chr5:6743355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr5:6744105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr5:6744342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr5:6744554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764586.1
1259 aa
N
1
630
1259
MED16_beta-prop
MED16_helical
C
PF30952 MED16_beta-prop 84-644 aa PF30926 MED16_helical 652-1104 aa
XP_057764587.1
1152 aa
N
1
576
1152
MED16_beta-prop
MED16_helical
C
PF30952 MED16_beta-prop 3-537 aa PF30926 MED16_helical 545-997 aa
XP_057764588.1
1042 aa
N
1
521
1042
MED16_beta-prop
MED16_helical
C
PF30952 MED16_beta-prop 22-427 aa PF30926 MED16_helical 435-887 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764586.1 Pfam PF30952 MED16_beta-prop Repeat 84 644 3.2e-302 1003.7 Mediator complex subunit 16 N-terminal domain
XP_057764586.1 Pfam PF30926 MED16_helical Domain 652 1104 9.8e-279 925.6 Mediator complex subunit 16 helical domain
XP_057764587.1 Pfam PF30952 MED16_beta-prop Repeat 3 537 4.4e-288 957.1 Mediator complex subunit 16 N-terminal domain
XP_057764587.1 Pfam PF30926 MED16_helical Domain 545 997 8.5e-279 925.8 Mediator complex subunit 16 helical domain
XP_057764588.1 Pfam PF30952 MED16_beta-prop Repeat 22 427 6.6e-204 679.2 Mediator complex subunit 16 N-terminal domain
XP_057764588.1 Pfam PF30926 MED16_helical Domain 435 887 6.9e-279 926.1 Mediator complex subunit 16 helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908603.1
GGACAACAGACTTAACGGAAGAAGCAGCAAAGCAAAAAGCGAAAGAGAAAGAGCGCAAACAGCAAGAAACACACACACCTGGAGTCTGCTCACTTGTCTTCAAAAAACAACCCTAACCCCCAAATCCAATCATCCCTTCCGCTCCTTTCCCTCTCACTCACTACAGTCATTCCTGTCGCCTTCAATTGCGACTTTCTCACCTCTCCACACTCTCTCTCTCTCTCTCCACATATTTCAATTATATATATATTAGGGTTTTT...
XM_057908604.1
GAAAGAGAAAGAGCGCAAACAGCAAGAAACACACACACCTGGAGTCTGCTCACTTGTCTTCAAAAAACAACCCTAACCCCCAAATCCAATCATCCCTTCCGCTCCTTTCCCTCTCACTCACTACAGTCATTCCTGTCGCCTTCAATTGCGACTTTCTCACCTCTCCACACTCTCTCTCTCTCTCTCCACATATTTCAATTATATATATATTAGGGTTTTTGGTCAATTGCTGTTCTTTCTAAATGAATAACATCACCAAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985566
ATGAATAACATCACCAACACCACCAATTCGAAGCAACCCCCACCGGACCCACTTCCACCATCAGCACCCACTGCCGCTAAGGAATCCGAGCTCGAACCGTCTTCTCCTGGATCTGCTTCTTCCGATAAAGCAGACGACGCCGCTGCTGGGGAGGAGGACGTGGTGATGACGGACAAGGATTCTGCTGCAGCTGCGGCTGCGAACTCGACTGAAGATTCCATGGATGAGGATTCCGGCACCCCAGCCACCGTTTTTCACAT...
LOC130985566
ATGGACTGTGCTGTTGCTTGGTGTGGGAAGTTGAATTGCATTGCCTGTGCATCAGAAACCTGTGCAAGAATTCCGAGTTCAACTGCCAATCCTCCATTTTGGATCCCTATACATATAGTCATACCAGAGCGACCTACTGAATGTACAGTTTTTAATGTCATTGCAGATTCGCCTCGGGACTCTGTTCAATTCATTGAGTGGTCGCCTACTTCATGTCCCCGTGCACTGCTCATAGCTAATTTCCATGGCCGGATAACCAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057764586.1
MNNITNTTNSKQPPPDPLPPSAPTAAKESELEPSSPGSASSDKADDAAAGEEDVVMTDKDSAAAAAANSTEDSMDEDSGTPATVFHIKLKQPKSNLLHKMSVPELCRTFSAVAWCGKLNCIACASETCARIPSSTANPPFWIPIHIVIPERPTECTVFNVIADSPRDSVQFIEWSPTSCPRALLIANFHGRITIWTQPSQGPANLVKEASCWQLEYEWRQDIAVVTKWLSGASPYRRLSARSSGSTKSTFEEKFLSQQPH...
XP_057764587.1
MDCAVAWCGKLNCIACASETCARIPSSTANPPFWIPIHIVIPERPTECTVFNVIADSPRDSVQFIEWSPTSCPRALLIANFHGRITIWTQPSQGPANLVKEASCWQLEYEWRQDIAVVTKWLSGASPYRRLSARSSGSTKSTFEEKFLSQQPHAPAGWPNFLCVCSVFSSGSVQLHWSQWPPNQSGAPSKWFCTSKGLLGAGPSGIMAADAIVTDSGALHVAGVPIVNPSTVVVWEVTPGPGNGFQVIPKTSVNNEVPPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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