当前解析结果
SmilChr05G000868| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000868 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000868 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G000868 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 6874645 - 6877135 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985579 |
|---|---|
| GeneID | 130985579 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985579 |
| 原始查询 | SmilChr05G000868 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os07g0506000; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os07g0506000; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G11200 (AT1G11200)organic solute transporter ostalpha protein (DUF300) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837661] identity=61.8; qcov=0.993; evalue=5.77e-146; confidence=high |
| Rice | Os07g0506000- identity=64.8; qcov=1; evalue=1.02e-148; confidence=high |
| GO | GO:0005215 (transporter activity); GO:0006810 (transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03619 (Solute_trans_a) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985579 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.60000 | XP_057764608.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057764608.1 |
| 3 | Endosome | 内体 | 0.40000 | XP_057764608.1 |
| 4 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.40000 | XP_057764608.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057764608.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:6874945 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C61 |
Chr5:6875017 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr5:6875226 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr5:6875577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,C38 |
Chr5:6875657 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C61,C73,D6 |
Chr5:6875667 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B33,C13,C70,C83,C84 |
Chr5:6875687 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr5:6875689 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,B39 |
Chr5:6876849 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C73,D6 |
Chr5:6876935 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B131,B134,B47,C5,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764608.1PF03619
Solute_trans_a 14-280 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764608.1 |
Pfam | PF03619 |
Solute_trans_a | Family | 14 | 280 | 3.9e-71 | 240.2 | Organic solute transporter Ostalpha |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。