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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000875

染色体: Chr05 坐标: 6931530-6940239 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000875
名称SmilChr05G000875
描述B3 domain-containing protein Os07g0563300-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6931530 - 6940239 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985588
GeneID130985588
locus_tag-
NCBI NameLOC130985588
原始查询SmilChr05G000875

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述B3 domain-containing protein Os07g0563300-like
产物B3 domain-containing protein Os07g0563300-like
ArabidopsisAT4G32010 (HSL1)
HSI2-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829332]
identity=50.5; qcov=0.56; evalue=2.37e-137; confidence=medium
RiceOs07g0563300 (GD1)
-
identity=45.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF02362 (B3); PF07496 (zf-CW); PF25813 (zf_VAL1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985588

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764632.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764632.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764632.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764632.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764632.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6932281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B38,B39
Chr5:6932484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C19,C21,C31
Chr5:6932485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C8
Chr5:6933279 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:6933629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr5:6933660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C50,C59
Chr5:6933677 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr5:6933701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr5:6933772 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C19,C21,C31,D10
Chr5:6934742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:6936544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B50,C83
Chr5:6936556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B50,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764632.1
857 aa
N
1
428
857
zf_VAL1_N
B3
zf-CW
C
PF25813 zf_VAL1_N 50-97 aa PF02362 B3 331-427 aa PF07496 zf-CW 564-606 aa
XP_057764633.1
805 aa
N
1
402
805
zf_VAL1_N
B3
zf-CW
C
PF25813 zf_VAL1_N 2-45 aa PF02362 B3 279-375 aa PF07496 zf-CW 512-554 aa
XP_057764635.1
805 aa
N
1
402
805
zf_VAL1_N
B3
zf-CW
C
PF25813 zf_VAL1_N 2-45 aa PF02362 B3 279-375 aa PF07496 zf-CW 512-554 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764632.1 Pfam PF25813 zf_VAL1_N Domain 50 97 2e-22 79.6 VAL1-like, N-terminal zinc finger domain
XP_057764632.1 Pfam PF02362 B3 Domain 331 427 6.4e-16 58.8 B3 DNA binding domain
XP_057764632.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 564 606 1.4e-10 41.8 CW-type Zinc Finger
XP_057764633.1 Pfam PF25813 zf_VAL1_N Domain 2 45 4.6e-20 72.0 VAL1-like, N-terminal zinc finger domain
XP_057764633.1 Pfam PF02362 B3 Domain 279 375 6.7e-16 58.8 B3 DNA binding domain
XP_057764633.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 512 554 1.3e-10 41.9 CW-type Zinc Finger
XP_057764635.1 Pfam PF25813 zf_VAL1_N Domain 2 45 4.6e-20 72.0 VAL1-like, N-terminal zinc finger domain
XP_057764635.1 Pfam PF02362 B3 Domain 279 375 6.7e-16 58.8 B3 DNA binding domain
XP_057764635.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 512 554 1.3e-10 41.9 CW-type Zinc Finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908649.1
AAAAGGTTTGCAGATGATAGTATGGAATTTGGAATCGGATCCTATTTGGAGAGCGGAAGCGGCGACAGCTCATCGAAAAAGAGAGAAACGACGACGCCAAATAGTAGCAGGCAGCATCCCCAACGTCCCTTTTCGAACCGGTCGCTCCGCAATTTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAAGAGGAGAGAGTATTCACACAGTGACGCACGCATGCGCAGGGTACCTTCTCACACATCAGCACACACTCAATTTTCACATATACA...
XM_057908650.1
CCTCTGTGATCGCTGCGCAGGTTTCCTGGATGAAGTGGGTTTTGATATGTTGATGGAGCTGATATGATTGTCCCCAACTGGATTTTGTATTAAATGTGAAACTAAGTGAGGTGCTGTATCATGTTGAGCTCTATGACTTTATGCTTGGAAGATATCTGCCACTTCGTGACTTTCTTTCAAATTGACGTCATTTAATGTGAATCTAGTTCTGCTTATGAGGATGGGAAATTTTGTGAGACGTTTCACATGAATGCGTCAGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985588
ATGTCGTCTACGACGGAGGTGTGTTTTAATTCAAACTGCAAAGATACGTCGGAGAAGTGGAGGAGAGGCTGGCGTCGCCGCACCGGCGAGTACGCTCACCTCTGTGATCGCTGCGCTTCTGCTTATGAGGATGGGAAATTTTGTGAGACGTTTCACATGAATGCGTCAGGGTGGAGATGCTGTGAATCTTGTGGAAAGCAAATACATTGTGGATGCATAGTTTCATTCCATATGTTCGTACTATTGGATGCAGGAGGAAT...
LOC130985588
ATGAATGCGTCAGGGTGGAGATGCTGTGAATCTTGTGGAAAGCAAATACATTGTGGATGCATAGTTTCATTCCATATGTTCGTACTATTGGATGCAGGAGGAATAGAATGCTTAACATGTGCAAAAAAGAGTTACATTTTGACACCAAATCCAGCATGGCCACCACCTTTGCATTTCCTTCCTTCGCAGCCTGAAAGAATGAAGGATCTTTCAATGAAAACATGGAATGCTATAGCTGGCTCAGGTCCAGTTCCATGGCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057764632.1
MSSTTEVCFNSNCKDTSEKWRRGWRRRTGEYAHLCDRCASAYEDGKFCETFHMNASGWRCCESCGKQIHCGCIVSFHMFVLLDAGGIECLTCAKKSYILTPNPAWPPPLHFLPSQPERMKDLSMKTWNAIAGSGPVPWRQAPSLFNGSSIQANDQLKVPFEVDVSGGIDRYGLCERLSMASPEIKQERSYERLANGKLRLGLPETLQNGNIGLNVKEQHCPFTSDFKPIYPRNDTSSNLSLGIASSSKNEIDDAPVSAIL...
XP_057764633.1
MNASGWRCCESCGKQIHCGCIVSFHMFVLLDAGGIECLTCAKKSYILTPNPAWPPPLHFLPSQPERMKDLSMKTWNAIAGSGPVPWRQAPSLFNGSSIQANDQLKVPFEVDVSGGIDRYGLCERLSMASPEIKQERSYERLANGKLRLGLPETLQNGNIGLNVKEQHCPFTSDFKPIYPRNDTSSNLSLGIASSSKNEIDDAPVSAILSQLPSVPISLGKQVCSQSGMDSSGEGQIRNGKSRGDGRSRNQLLPRYRPQIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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