当前解析结果
SmilChr05G000881| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000881 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000881 |
| 描述 | myosin-3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 6980438 - 6981893 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985595 |
|---|---|
| GeneID | 130985595 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985595 |
| 原始查询 | SmilChr05G000881 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | myosin-3-like |
| 产物 | myosin-3-like |
| Arabidopsis | AT5G54280 (ATM2)myosin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835516] identity=29.9; qcov=1.08; evalue=3.43e-34; confidence=low |
| Rice | Os10g0488800 (OSMYOVIIIB)- identity=31.5; qcov=1.04; evalue=2.02e-34; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00612 (IQ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985595 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.80000 | XP_057764642.1 |
| 2 | Centrosome | 中心体 | 0.40000 | XP_057764642.1 |
| 3 | Centriole | Centriole | 0.40000 | XP_057764642.1 |
| 4 | Cell projection | 细胞突起 | 0.40000 | XP_057764642.1 |
| 5 | Cilium | 纤毛 | 0.40000 | XP_057764642.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:6980759 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,C61 |
Chr5:6980957 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr5:6981095 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B80 |
Chr5:6981096 |
G |
GGC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | A15 |
Chr5:6981096 |
G |
GGC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr5:6981618 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764642.1PF00612
IQ 63-81 aa
PF00612
IQ 85-104 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764642.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 63 | 81 | 3.8e-08 | 33.1 | IQ calmodulin-binding motif |
XP_057764642.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 85 | 104 | 3.8e-08 | 33.1 | IQ calmodulin-binding motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。