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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000881

染色体: Chr05 坐标: 6980438-6981893 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000881
名称SmilChr05G000881
描述myosin-3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向6980438 - 6981893 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985595
GeneID130985595
locus_tag-
NCBI NameLOC130985595
原始查询SmilChr05G000881

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin-3-like
产物myosin-3-like
ArabidopsisAT5G54280 (ATM2)
myosin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835516]
identity=29.9; qcov=1.08; evalue=3.43e-34; confidence=low
RiceOs10g0488800 (OSMYOVIIIB)
-
identity=31.5; qcov=1.04; evalue=2.02e-34; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00612 (IQ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985595

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 0.80000 XP_057764642.1
2 Centrosome 中心体 0.40000 XP_057764642.1
3 Centriole Centriole 0.40000 XP_057764642.1
4 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057764642.1
5 Cilium 纤毛 0.40000 XP_057764642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:6980759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C61
Chr5:6980957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr5:6981095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B80
Chr5:6981096 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 1 A15
Chr5:6981096 G GGC 2bp_insertion CDS_variant 1 A15
Chr5:6981618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764642.1
316 aa
N
1
158
316
IQ
IQ
C
PF00612 IQ 63-81 aa PF00612 IQ 85-104 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764642.1 Pfam PF00612 IQ Motif 63 81 3.8e-08 33.1 IQ calmodulin-binding motif
XP_057764642.1 Pfam PF00612 IQ Motif 85 104 3.8e-08 33.1 IQ calmodulin-binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908659.1
ATGGTGACTCGCAGCTCGCTGGAGCTGATGCTCGATAAATTGCAGCAGCTGGAGGAACAGCCGGCCGACATTCCCCCGCCGCTCCCCGTTAGGCCCGTCTCCAGGGCCCGCCCAGCCCGCCTGCCGCGGCCGCTGCAACCAAGTGTTAATCGCTCTCTGGAAAAGACTCGAGAATGTGAAGAAAGAGGAATACGCAAGATCCAGAAATGGTATCGCGGCCACCAAGTTCGTTGCTGCTATAGGGAGTTGACAAGGGGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985595
ATGGTGACTCGCAGCTCGCTGGAGCTGATGCTCGATAAATTGCAGCAGCTGGAGGAACAGCCGGCCGACATTCCCCCGCCGCTCCCCGTTAGGCCCGTCTCCAGGGCCCGCCCAGCCCGCCTGCCGCGGCCGCTGCAACCAAGTGTTAATCGCTCTCTGGAAAAGACTCGAGAATGTGAAGAAAGAGGAATACGCAAGATCCAGAAATGGTATCGCGGCCACCAAGTTCGTTGCTGCTATAGGGAGTTGACAAGGGGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764642.1
MVTRSSLELMLDKLQQLEEQPADIPPPLPVRPVSRARPARLPRPLQPSVNRSLEKTRECEERGIRKIQKWYRGHQVRCCYRELTRGVVALQSFIRGQNARRGYQQRCRLLTAIIIIQKQGRKYLEHQAAALAHLQSGDGMHPDQIKRRRAGENTKDQKGVPYTSLVDLQKRVVRAEAKLRAKKEENAALKTKLLEMEKKWQQREERMTSMEKEWQDQLTHIQECLAAAKKNRTPQIRFSNRFQNPDNIPTNSNNSDADED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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