Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000885`

染色体: Chr05 坐标: 7005807-7007797 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000885`
名称	SmilChr05G000885
描述	F-box protein At1g61340-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	7005807 - 7007797 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985599`
GeneID	`130985599`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985599`
原始查询	`SmilChr05G000885`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein At1g61340-like
产物	F-box protein At1g61340-like
Arabidopsis	`AT1G61340` (FBS1) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842428] identity=46.6; qcov=1.01; evalue=2.69e-30; confidence=medium
Rice	`Os07g0561300` (OsFbox396) - identity=41.5; qcov=0.588; evalue=1.91e-16; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985599

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764646.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764646.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764646.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764646.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057764646.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:7006985`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,C62,C77
`Chr5:7007193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B37
`Chr5:7007550`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B19,B42,B62,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908663.1
TGACACAAAAGGGAGAATATTCCATACAATATATTGCTAATATCTAGCTGACATGATACATTTACAAGTAATTAATGAAGAAATTTTAACAATATACAATGTTCTGAGTGGATTTGGTTACGAAAAATAGCCTGTAATAGTATAACTTTTCAATTAAGCAATTGCTTTTTAATGGGAGAATAATACTACTGCAATATTCTTTTTAAATCGTATGTTTAGCTAGCTTTACACCTGATGCTGAGGGTATGGCGAGGAACAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985599
ATGGCGTTTGGGGATTCGGATGAAGGGTACGGAATGGGGCTGGTGAGGAGCACTTCATTTGGGAGGAAAAGGGTTTTTTTGTCGAGTCACGGTATGGAATTTGGGGATGATGATGATTGTGTCAGTCTGAAGAGACGGTGCCCTCAAGATTCCATATTTTGGGGAGAGAAATCTGCGCTCGAGGACTTGCCTCAAGAAATACTGATTAGGATACTGTGTGGTGTGGAGCATGACGATTTGAAAAGGCTGTTTTTTGTGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764646.1
MAFGDSDEGYGMGLVRSTSFGRKRVFLSSHGMEFGDDDDCVSLKRRCPQDSIFWGEKSALEDLPQEILIRILCGVEHDDLKRLFFVSKAIREASVIAKQSHFAYSTPRKTVGFKSLDELMEMEAPNAPKQSRAPRQRLSVKNLADISVALFADGDLFSEN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器