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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000886

染色体: Chr05 坐标: 7010386-7012507 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000886
名称SmilChr05G000886
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g18390, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向7010386 - 7012507 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985600
GeneID130985600
locus_tag-
NCBI NameLOC130985600
原始查询SmilChr05G000886

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g18390, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g18390%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G18390 (AT5G18390)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831957]
identity=59.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0525500
-
identity=55.3; qcov=0.907; evalue=1.54e-171; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0008380 (RNA splicing)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985600

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057764647.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764647.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764647.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764647.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764647.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:7010973 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D1
Chr5:7010973 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 D1
Chr5:7010999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54
Chr5:7011029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr5:7011718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B34,B83,C60
Chr5:7011758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B64,B72
Chr5:7011872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr5:7012146 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B42,C87
Chr5:7012250 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764647.1
461 aa
N
1
230
461
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 155-180 aa PF13041 PPR_2 185-230 aa PF01535 PPR 186-214 aa PF13812 PPR_3 206-253 aa PF12854 PPR_1 215-246 aa PF01535 PPR 221-250 aa PF13812 PPR_3 242-298 aa PF01535 PPR 260-285 aa PF01535 PPR 291-319 aa PF01535 PPR 325-354 aa PF13812 PPR_3 362-405 aa PF13041 PPR_2 364-405 aa PF01535 PPR 365-389 aa PF01535 PPR 396-424 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764647.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 155 180 3.3e-41 137.4 PPR repeat
XP_057764647.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 185 230 2.2e-48 162.8 PPR repeat family
XP_057764647.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 186 214 3.3e-41 137.4 PPR repeat
XP_057764647.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 206 253 2.5e-20 73.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764647.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 215 246 7.1e-39 132.0 PPR repeat
XP_057764647.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 221 250 3.3e-41 137.4 PPR repeat
XP_057764647.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 242 298 2.5e-20 73.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764647.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 260 285 3.3e-41 137.4 PPR repeat
XP_057764647.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 291 319 3.3e-41 137.4 PPR repeat
XP_057764647.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 325 354 3.3e-41 137.4 PPR repeat
XP_057764647.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 362 405 2.5e-20 73.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057764647.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 364 405 2.2e-48 162.8 PPR repeat family
XP_057764647.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 365 389 3.3e-41 137.4 PPR repeat
XP_057764647.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 396 424 3.3e-41 137.4 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908664.1
AAAAATCCGGAAGCCAGGCTTTCCACAAATGGAGGCTTGGCCGTAGAAGGAAGGATCGAACTGTATCCGAAAAACAGTCAGAACGCCTCGCCGCTTTCTTCTTTACTCTCATTTCTCAGAACCACCACGCCAAAGCTTCTTCTTCACTGATATCTCCTCCAAGGATTCTTCTTCCTCATTACGCGCTGCTATTGAGGCTCCAGATAGATAGAGCCGTCTCTGCTTACTTAATAGTGAGGCATCACCGAAGGTCCTCCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985600
ATGCTTGTGATTCGTAAATTCTCTGCCCTCATCCCTGGCACGAGCGCATCGACTTGTATTCGTACCTTGACCAGCGGAACCAGTTTATTTTGTAACAGTGATGGTGGTACAGGTAGTAGAGGCTTGCCCAACGATGACTACTTTGCTACGATTCACCACATATCCAACATTGTGCGACGTGATATATACATGGAGCGCACACTCAACAAGATGCACATATCAAAGATTGTAAACTCAGAGCTAGTTTATCGGGTCTTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764647.1
MLVIRKFSALIPGTSASTCIRTLTSGTSLFCNSDGGTGSRGLPNDDYFATIHHISNIVRRDIYMERTLNKMHISKIVNSELVYRVFRSCCNCGVESFRFFNWARTNHPNYEPTTLEFEELLKILARNRHWETMWKVAETMKAQSFAISPSVVSFIIEQYGKHGLIDQAVGLFNGLKNFNCLQTTEVYNSLLFALCEVKNFQGAYALIRRMIRKGTIPDKRTYSVLVNAWCYAGKMREAQDFLEEMSKKGFNPPVRGRDLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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