Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000893`

染色体: Chr05 坐标: 7062064-7065107 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000893`
名称	SmilChr05G000893
描述	uncharacterized SmilChr05G000893
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	7062064 - 7065107 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985607`
GeneID	`130985607`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985607`
原始查询	`SmilChr05G000893`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839231]; symbol=AT1G01630; hit=AT1G01630; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839231]; symbol=AT1G01630; hit=AT1G01630; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G01630` (AT1G01630) Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839231] identity=68; qcov=0.878; evalue=1.87e-120; confidence=high
Rice	`Os01g0926800` (P0482D04.19) - identity=54.8; qcov=0.867; evalue=2.42e-90; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00650 (CRAL_TRIO); PF13716 (CRAL_TRIO_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057764654.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764654.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764654.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764654.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764654.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:7062358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B60,C15,C39
`Chr5:7062580`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B54,C26,C5,D7
`Chr5:7063533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr5:7063618`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764654.1

263 aa

132

263

CRAL_TRIO

CRAL_TRIO_2

PF00650 CRAL_TRIO 106-253 aa PF13716 CRAL_TRIO_2 118-253 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764654.1`	Pfam	`PF00650`	CRAL_TRIO	Domain	106	253	1.4e-39	136.0	CRAL/TRIO domain
`XP_057764654.1`	Pfam	`PF13716`	CRAL_TRIO_2	Domain	118	253	6.9e-08	33.6	Divergent CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908671.1
GTTCCATTTATAACTTCGGCGCCTTCCTCAGGAGTCAGGATCTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTTGATTGCCGGTAGTGAGAGAAAGCGAGGGGATGACTTCGTATCTGCGGCAGAAGTTTCAGTCTCTGACATTCTCCTCGGAGTCCGAAGATGCAAAACAAGGGGAGCTCAACTCTGAGAATAGAGAAGAAATTGAGCGTAGTAGAATTCAAAGTATGAAAGCGCTTGTCCTAAAACAAGATCCCTCTGCTAAGGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985607
ATGACTTCGTATCTGCGGCAGAAGTTTCAGTCTCTGACATTCTCCTCGGAGTCCGAAGATGCAAAACAAGGGGAGCTCAACTCTGAGAATAGAGAAGAAATTGAGCGTAGTAGAATTCAAAGTATGAAAGCGCTTGTCCTAAAACAAGATCCCTCTGCTAAGGATGTGGATGAGTTGATGTTCCGTAGATTTCTTCGGGCTCGCGATCTTGATGTTGAGAAGGCATCAGCTATGTTTCTGAAGTATTTGAAATGGAGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764654.1
MTSYLRQKFQSLTFSSESEDAKQGELNSENREEIERSRIQSMKALVLKQDPSAKDVDELMFRRFLRARDLDVEKASAMFLKYLKWRREFVPNGFISPSEIPNDLAQNKLFMQGYDKAGRPIVLVFAARHKPASTNVEEFKRYVTFSLDKICARMPSGHEKFTSIADLEGWGYSNSDIRGYLAALSILQDCYPERLGKLLIINAPYIFMTAWKMVYPFIDKNTKKKIVFVEDKKLRATLLQDIDESQLPNCVGGPLKLVPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器