当前解析结果
SmilChr05G000894| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000894 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000894 |
| 描述 | sugar carrier protein C-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 7075425 - 7078319 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985608 |
|---|---|
| GeneID | 130985608 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985608 |
| 原始查询 | SmilChr05G000894 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sugar carrier protein C-like |
| 产物 | sugar carrier protein C-like |
| Arabidopsis | AT1G11260 (STP1)sugar transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837667] identity=79; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0106200 (OsMST3)- identity=67.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985608 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057764655.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764655.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764655.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764655.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764655.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:7075803 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr5:7075816 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B3 |
Chr5:7076069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,C62 |
Chr5:7076104 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,C39 |
Chr5:7076204 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B45,C15,C39 |
Chr5:7076255 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr5:7076973 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr5:7077045 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,C83 |
Chr5:7077803 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,B17,C36 |
Chr5:7077920 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B66,C20,C42 |
Chr5:7078071 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B59 |
Chr5:7078071 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764655.1PF00083
Sugar_tr 30-492 aa
PF07690
MFS_1 86-442 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764655.1 |
Pfam | PF00083 |
Sugar_tr | Family | 30 | 492 | 5.7e-137 | 458.0 | Sugar (and other) transporter |
XP_057764655.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 86 | 442 | 1.1e-24 | 87.8 | Major Facilitator Superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。