当前解析结果
SmilChr05G000898| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000898 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000898 |
| 描述 | transcription factor MYB74-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 7105798 - 7107220 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985612 |
|---|---|
| GeneID | 130985612 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985612 |
| 原始查询 | SmilChr05G000898 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor MYB74-like |
| 产物 | transcription factor MYB74-like |
| Arabidopsis | AT4G21440 (MYB102)MYB-like 102 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826916] identity=50.3; qcov=1.06; evalue=3.76e-107; confidence=high |
| Rice | Os07g0558100 (OsMyb7)- identity=71.2; qcov=0.501; evalue=1.69e-86; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985612 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764661.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764661.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764661.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764661.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057764661.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:7106186 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr5:7106439 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C29,D8 |
Chr5:7106599 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B25,C14,C32,C45,C68 |
Chr5:7106884 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B4,C52 |
Chr5:7106929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764661.1PF00249
Myb_DNA-binding 32-79 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 35-94 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 85-129 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 89-132 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764661.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 32 | 79 | 1.3e-36 | 125.2 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057764661.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 35 | 94 | 4.4e-21 | 75.6 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057764661.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 85 | 129 | 1.3e-36 | 125.2 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057764661.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 89 | 132 | 4.4e-21 | 75.6 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。