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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000899

染色体: Chr05 坐标: 7118975-7119860 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000899
名称SmilChr05G000899
描述protein MOTHER of FT and TFL1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向7118975 - 7119860 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985613
GeneID130985613
locus_tag-
NCBI NameLOC130985613
原始查询SmilChr05G000899

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MOTHER of FT and TFL1-like
产物protein MOTHER of FT and TFL1-like
ArabidopsisAT1G18100 (E12A11)
PEBP (phosphatidylethanolamine-binding protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838390]
identity=53.8; qcov=0.972; evalue=2.5e-66; confidence=high
RiceOs06g0498800 (OsMFT1)
-
identity=54.6; qcov=0.989; evalue=8.48e-66; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01161 (PBP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985613

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057764662.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057764662.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057764662.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764662.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764662.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:7119062 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B72
Chr5:7119062 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 B72
Chr5:7119664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr5:7119685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr5:7119808 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A3
Chr5:7119808 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764662.1
176 aa
N
1
88
176
PBP
C
PF01161 PBP 42-163 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764662.1 Pfam PF01161 PBP Domain 42 163 2.3e-18 67.7 Phosphatidylethanolamine-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908679.1
ATGCGCAGGGCGTCGCTGGATCCGCTGGTGGTAGGCAGAGTAGTCGGGGATGTGCTCGACATCTTCGTTCCGACGGCGGAGCTGGCGGTGCGCTACGCCACTCAAAAGATCAGCATTAACGGCGGCAAGCTGAAGCCTTCCTCCGCTGCTGAAAGGCCTAAAGTCCGTATCACCGGCTCTCCAAATAACTACTACACTCTTGTCATGGTTGATCCTGATGCTCCTAGTCCGAGTGAACCCGCATTTAGAGAGTGGCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985613
ATGCGCAGGGCGTCGCTGGATCCGCTGGTGGTAGGCAGAGTAGTCGGGGATGTGCTCGACATCTTCGTTCCGACGGCGGAGCTGGCGGTGCGCTACGCCACTCAAAAGATCAGCATTAACGGCGGCAAGCTGAAGCCTTCCTCCGCTGCTGAAAGGCCTAAAGTCCGTATCACCGGCTCTCCAAATAACTACTACACTCTTGTCATGGTTGATCCTGATGCTCCTAGTCCGAGTGAACCCGCATTTAGAGAGTGGCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764662.1
MRRASLDPLVVGRVVGDVLDIFVPTAELAVRYATQKISINGGKLKPSSAAERPKVRITGSPNNYYTLVMVDPDAPSPSEPAFREWLHWLVINIPEGSDASEGKELMAYMGPQPPIGIHRHVFAAFRQAGLMETVKGKPAERGLFNTRQFASENQLGLPVAAFYFNSQKQPAGNKTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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