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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000915

染色体: Chr05 坐标: 7256398-7256883 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000915
名称SmilChr05G000915
描述calcium-binding protein PBP1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向7256398 - 7256883 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985637
GeneID130985637
locus_tag-
NCBI NameLOC130985637
原始查询SmilChr05G000915

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-binding protein PBP1-like
产物calcium-binding protein PBP1-like
ArabidopsisAT5G54490 (PBP1)
pinoid-binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835537]
identity=56.6; qcov=0.938; evalue=6.44e-34; confidence=medium
RiceOs01g0783700
-
identity=60.9; qcov=0.973; evalue=1.41e-39; confidence=medium
GOGO:0005509 (calcium ion binding)
KEGG-
PfamPF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985637

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057764694.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057764694.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057764694.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764694.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764694.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:7256536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B79,D2
Chr5:7256643 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 17 A11,A19,A23,A3,B12,B130,B64,B80,B84,B85,B91,C18,C19,C21,C27,C31,C37
Chr5:7256646 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 17 A11,A19,A23,A3,B12,B130,B64,B80,B84,B85,B91,C18,C19,C21,C27,C31,C37
Chr5:7256739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C75
Chr5:7256776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764694.1
113 aa
N
1
56
113
EF-hand_8
C
PF13833 EF-hand_8 44-95 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764694.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 44 95 5.8e-16 58.7 EF-hand domain pair

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908711.1
TCCATATATATCATACCCCATCATATCTCCCTTCCATTCTCACATTATTGCCAAAATGGGAAAGAGAGAAGGCGTTACTGGTGTGGTGTTTGAGGATCATTTTCCGACGATGGTCGAGAAGCTGGGAGCGGAGGGGTTTATGAACGAGCTGTGTAAAGGGTTTGAGGTGCTCATGGATTCTCACAAACAGCTCATCACATTCCACAGCTTGAAGAAGAATGCTGCCGTCTTGGGTTTGCAGGTCGACGATGATGATATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985637
ATGGGAAAGAGAGAAGGCGTTACTGGTGTGGTGTTTGAGGATCATTTTCCGACGATGGTCGAGAAGCTGGGAGCGGAGGGGTTTATGAACGAGCTGTGTAAAGGGTTTGAGGTGCTCATGGATTCTCACAAACAGCTCATCACATTCCACAGCTTGAAGAAGAATGCTGCCGTCTTGGGTTTGCAGGTCGACGATGATGATATGCTCCGGTGTATGTTGAAGGAAGGGGATTTGGACGGCGATGGATGTCTCGATCAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764694.1
MGKREGVTGVVFEDHFPTMVEKLGAEGFMNELCKGFEVLMDSHKQLITFHSLKKNAAVLGLQVDDDDMLRCMLKEGDLDGDGCLDQMEFCVLMFRLSPNLMNRATNILFQDFQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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