当前解析结果
SmilChr05G000957| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000957 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000957 |
| 描述 | sugar carrier protein C-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 7724110 - 7726892 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985672 |
|---|---|
| GeneID | 130985672 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985672 |
| 原始查询 | SmilChr05G000957 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sugar carrier protein C-like |
| 产物 | sugar carrier protein C-like |
| Arabidopsis | AT1G11260 (STP1)sugar transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837667] identity=78.7; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os07g0106200 (OsMST3)- identity=67.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985672 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057764733.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764733.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764733.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764733.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057764733.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:7724438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,C38 |
Chr5:7724688 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A14 |
Chr5:7724691 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B20 |
Chr5:7724754 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:7724794 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:7724826 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,C15 |
Chr5:7724877 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr5:7724931 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C60,D2 |
Chr5:7725667 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C13,C64,D3 |
Chr5:7725946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr5:7726608 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764733.1PF00083
Sugar_tr 32-494 aa
PF07690
MFS_1 88-444 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764733.1 |
Pfam | PF00083 |
Sugar_tr | Family | 32 | 494 | 5.8e-137 | 458.0 | Sugar (and other) transporter |
XP_057764733.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 88 | 444 | 1.1e-24 | 87.8 | Major Facilitator Superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。