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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000957

染色体: Chr05 坐标: 7724110-7726892 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000957
名称SmilChr05G000957
描述sugar carrier protein C-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向7724110 - 7726892 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985672
GeneID130985672
locus_tag-
NCBI NameLOC130985672
原始查询SmilChr05G000957

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sugar carrier protein C-like
产物sugar carrier protein C-like
ArabidopsisAT1G11260 (STP1)
sugar transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837667]
identity=78.7; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0106200 (OsMST3)
-
identity=67.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985672

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764733.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764733.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764733.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764733.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764733.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:7724438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C38
Chr5:7724688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr5:7724691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr5:7724754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:7724794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:7724826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C15
Chr5:7724877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr5:7724931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C60,D2
Chr5:7725667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C13,C64,D3
Chr5:7725946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr5:7726608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764733.1
521 aa
N
1
260
521
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 32-494 aa PF07690 MFS_1 88-444 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764733.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 32 494 5.8e-137 458.0 Sugar (and other) transporter
XP_057764733.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 88 444 1.1e-24 87.8 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908750.1
ATTAGTATTTTTCGGTCATCCAGCGTAACATTATCTGAGAATGTAATAATCCATTTTACCGTGTAGTAATTTTACAACTGTTTTGACAGCTAGAGAGATCTTTTTCAAAATAAAGTCGTGATTTCTCTATATATAGTCCTCTCCTCCCATTCTCTTTTCAAGTCTCTACATCTCTGCGTCGCATTTTCTGAGTATATAGGACTTGTTGAAACTTGGTCAGTTTCTCTCTCTACAGTTATATAGCTATTTCGCATTCTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985672
ATGGCGGGTGGTGGTTTTGGCCCCGGCCCCGGCCCCGGCAACGGCAAGGGGAAGGAATATCCCGGCAATCTGACGGCGCATGTGATTGTCACGTGCGTCGTCGCAGCCATGGGCGGTCTTATTTTCGGTTACGATATTGGAATTTCCGGTGGAGTGACGTCGATGGATTCATTCTTGGAGAAGTTCTTCCCCTCCGTGTTCAGGAAGGAGAAAGCGGATACATCGACGAATCAATACTGCAAATTTGACAGCGTGCCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764733.1
MAGGGFGPGPGPGNGKGKEYPGNLTAHVIVTCVVAAMGGLIFGYDIGISGGVTSMDSFLEKFFPSVFRKEKADTSTNQYCKFDSVPLTLFTSSLYLAALASSILAGTVTRKLGRKLSMLLGGVLFCAGALINGFAYAVWMLILGRLLLGAGIGFANQSVPLYLSEMAPYKYRGALNIGFQLSITIGILAANVLNYGFAQIKGGWGWRLSLGGAMVPALIITVGSLILPETPNSLIERGQQDKARAELKKIRGVSDVEEEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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