Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000961`

染色体: Chr05 坐标: 7752882-7755965 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000961`
名称	SmilChr05G000961
描述	vesicle-associated protein 4-2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	7752882 - 7755965 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985674`
GeneID	`130985674`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985674`
原始查询	`SmilChr05G000961`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vesicle-associated protein 4-2-like
产物	vesicle-associated protein 4-2-like
Arabidopsis	`AT4G21450` (AT4G21450) PapD-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826300] identity=67.5; qcov=1.09; evalue=1.66e-127; confidence=high
Rice	`Os08g0141300` - identity=82.8; qcov=0.684; evalue=1.16e-98; confidence=high
GO	GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0061817 (GO:0061817); GO:0090158 (endoplasmic reticulum membrane organization)
KEGG	-
Pfam	PF00635 (Motile_Sperm)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985674

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057764736.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057764735.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057764736.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057764735.1`
5	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057764736.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:7755449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr5:7755547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B17,B28,C41
`Chr5:7755604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B136,B25,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764735.1

292 aa

146

292

Motile_Sperm

PF00635 Motile_Sperm 78-187 aa

XP_057764736.1

263 aa

132

263

Motile_Sperm

PF00635 Motile_Sperm 78-187 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764735.1`	Pfam	`PF00635`	Motile_Sperm	Domain	78	187	2.2e-22	79.7	MSP (Major sperm protein) domain
`XP_057764736.1`	Pfam	`PF00635`	Motile_Sperm	Domain	78	187	1.7e-22	80.0	MSP (Major sperm protein) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908753.1
ATCTATGACTAAACTAGCAATATTAGTGTATCAGTATAAGATTCAAGATCAATAAAAGTTGAAAATTGAAACCATATTCGTTCAAAATTCAAATCCGATGACAATTAAAACGGCCGTAAACTGAAAAAGTCTACACAAGGAAGAGAGAGAAAAAGCCCCTAAAAAAAGAAATAGTAATAAAAAAATACTAGTAGTAAATAAAAGGAGCAACGCCAGTAAAAATTGTTCCTATTTCTGCAAGAACCACAGACAGCACCAAC...

XM_057908752.1
CATATTCGTTCAAAATTCAAATCCGATGACAATTAAAACGGCCGTAAACTGAAAAAGTCTACACAAGGAAGAGAGAGAAAAAGCCCCTAAAAAAAGAAATAGTAATAAAAAAATACTAGTAGTAAATAAAAGGAGCAACGCCAGTAAAAATTGTTCCTATTTCTGCAAGAACCACAGACAGCACCAACGAAGAACTTTAGAAAAGTCTCACTCTCCAGAGGCTGAAACTCAAACCAAAACCCCCTCCATTGCGACGTCGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985674
ATGCCAACCGCCGACGACAAATCTGACGGCAAAGTGTGGGGGCTATTCAAAATGCCCTTCAGAAACTCGCAGCCGACGACATCGTCTTCCTCCGATTTCGCCCATTACCAGCACAATTATGGCCACGGGAGCAACGGTCCTCATTCCCAGGTGGAGGGATCGAGCGCTCACAGTGGGGCTGGGAGCTCGGTTTCATCGGTGGCCAGATCTCTGCTCCCCACGCGCCGCCGCTTGAAGCTCGATCCCTCTAATAAGCTCTA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057764735.1
MPTADDKSDGKVWGLFKMPFRNSQPTTSSSSDFAHYQHNYGHGSNGPHSQVEGSSAHSGAGSSVSSVARSLLPTRRRLKLDPSNKLYFPYEAGKQVRSAIKIKNTSKSRVAFKFQTTEPKSCFMRPPGAILVPGESIIATVFKFVEVPENNEKPMDQKSRVKFKIMSLKVKDEMDYVPELFDEHKDQVAVEQILRVVFLDVERPSPALEKLKRQLAEAEAELEARKKPSEDTGPKFVGEGLVIDEWVSLVTLKVLVQSDL...

XP_057764736.1
MPTADDKSDGKVWGLFKMPFRNSQPTTSSSSDFAHYQHNYGHGSNGPHSQVEGSSAHSGAGSSVSSVARSLLPTRRRLKLDPSNKLYFPYEAGKQVRSAIKIKNTSKSRVAFKFQTTEPKSCFMRPPGAILVPGESIIATVFKFVEVPENNEKPMDQKSRVKFKIMSLKVKDEMDYVPELFDEHKDQVAVEQILRVVFLDVERPSPALEKLKRQLAEAEAELEARKKPSEDTGPKFVGEGLVIDEWKERRERYLARQQVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器