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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000963

染色体: Chr05 坐标: 7774736-7776203 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000963
名称SmilChr05G000963
描述transcription factor MYB102-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向7774736 - 7776203 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985677
GeneID130985677
locus_tag-
NCBI NameLOC130985677
原始查询SmilChr05G000963

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor MYB102-like
产物transcription factor MYB102-like
ArabidopsisAT4G21440 (MYB102)
MYB-like 102 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826916]
identity=50.4; qcov=1.12; evalue=2.15e-107; confidence=high
RiceOs07g0558100 (OsMyb7)
-
identity=74; qcov=0.53; evalue=9.4e-87; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985677

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057764738.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764738.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764738.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764738.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057764738.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:7775510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764738.1
334 aa
N
1
167
334
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 14-61 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 17-76 aa PF00249 Myb_DNA-binding 67-111 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 71-114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764738.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 14 61 1.1e-36 125.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057764738.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 17 76 3.7e-21 75.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057764738.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 67 111 1.1e-36 125.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057764738.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 71 114 3.7e-21 75.8 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908755.1
AGGGACCTACACACCTCTCTCCTACTATTTTTCGTACTCACTCGCAATGGGAAGAGCTCCTTGCTGTGACAAAAATGGCCTCAAAAAGGGGCCTTGGACTCCAGAAGAAGATCAGAAACTCATGGATTACATTCAGAAAAACGGTTACGGCAACTGGAGAACTCTTCCAAAGAATGCTGGTCTGCAAAGATGCGGGAAGAGTTGCCGACTGCGGTGGACCAACTACCTCCGGCCCGATATCAAGAGAGGAAGATTCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985677
ATGGGAAGAGCTCCTTGCTGTGACAAAAATGGCCTCAAAAAGGGGCCTTGGACTCCAGAAGAAGATCAGAAACTCATGGATTACATTCAGAAAAACGGTTACGGCAACTGGAGAACTCTTCCAAAGAATGCTGGTCTGCAAAGATGCGGGAAGAGTTGCCGACTGCGGTGGACCAACTACCTCCGGCCCGATATCAAGAGAGGAAGATTCTCCTTCGAGGAAGAAGAAACGATCATCCAACTGCACAGCATCCTCGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764738.1
MGRAPCCDKNGLKKGPWTPEEDQKLMDYIQKNGYGNWRTLPKNAGLQRCGKSCRLRWTNYLRPDIKRGRFSFEEEETIIQLHSILGNKWSAIAGRLPGRTDNEIKNYWNTHIRKRLLRMGIDPVTHSPRLDLLDLLNSSLYAQQQPSNIIHFSRLLGMQPFINPELIRLASSFISSDRPNHASFQNQPITNCNNQVSPSPTTLANHNQDDQFLQYDAQNPAGFGDWHQNDGSVFDYADQLPNYGYYGSDQSVVDPAPSSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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