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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000971

染色体: Chr05 坐标: 7850195-7853953 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000971
名称SmilChr05G000971
描述universal stress protein PHOS32-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向7850195 - 7853953 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985684
GeneID130985684
locus_tag-
NCBI NameLOC130985684
原始查询SmilChr05G000971

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述universal stress protein PHOS32-like
产物universal stress protein PHOS32-like
ArabidopsisAT1G11360 (AT1G11360)
Adenine nucleotide alpha hydrolases-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837678]
identity=69.4; qcov=1.01; evalue=1.06e-113; confidence=high
RiceOs01g0783500
-
identity=67.9; qcov=0.937; evalue=1.82e-84; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00582 (Usp)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985684

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764751.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057764751.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057764751.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764751.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764751.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:7850603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B27,C13
Chr5:7850624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C17,C20,C41,C66,C72
Chr5:7850681 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B60,C9
Chr5:7850722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B78,B82,C23
Chr5:7850741 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,C48
Chr5:7850988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B128,B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764751.1
239 aa
N
1
120
239
Usp
C
PF00582 Usp 38-191 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764751.1 Pfam PF00582 Usp Domain 38 191 3.4e-27 96.4 Universal stress protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908768.1
AGTCAACAACCTGGAAAAAGAAAAGAAAGAGTAATCTAAAAAAGTCAACAAAGTGCAGGAAGAAAATTAGATAGACCGGAAGCATCTGATTTCTATCCCTGACCTTTCTTGTTCGGGAGCTAATCACAGTCGCCCGAAAACGCAAGAACGAGCCGAGTCATCAAATATTCAAAATCAACTCATCCACCCCTGACCCCTTGTTTACAACCCTGAAAAACCCTAATTCCATCTTCCCCCAAATCACACTCCACAGTTGATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985684
ATGGCATCACCAGGCAAACCTCGGAAGGAAAACGACCGCCCGCCGGCCGCGATTCTCCACCAGCCAGCTTCTCCTCGCTTCCCTTCCGGAACTCCCACCGCAGGCGCCCAGCGCAAGGTCGCCATCGCAGTAGATCTCAGTGATGAGAGCGCCTACGCCGTCAAGTGGGCTGTTCAGAATTACCTCCGGCCGGGCGACGCCGTCATTCTCCTACACGTGCGCCCCACCTCCGTCCTGTACGGCGCTGATTGGGGCGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764751.1
MASPGKPRKENDRPPAAILHQPASPRFPSGTPTAGAQRKVAIAVDLSDESAYAVKWAVQNYLRPGDAVILLHVRPTSVLYGADWGAVDVSVDTADEKSQQKLEDDFDNFTTSKANDLAQPLVEASIPFKIHIVKDHDMKERLCLEVERLGLSAVIMGSRGFGASRRSSKGRLGSVSDYCVHHCVCPVVVVRFPDEKDDVSGGSAKPLDKDTSALHPVPEEEEPLFLDASDQNADVEKTS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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