Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000994`

染色体: Chr05 坐标: 8064266-8065723 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000994`
名称	SmilChr05G000994
描述	uncharacterized SmilChr05G000994
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8064266 - 8065723 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025475`
GeneID	`131025475`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025475`
原始查询	`SmilChr05G000994`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=43.6; qcov=0.218; evalue=3.53e-17; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025475

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811253.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057811253.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057811253.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057811253.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811253.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8064285`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:8064290`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	108	A1,A13,A14,A16,A19,A21,A23,A25,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B103,B109,B110,B113,B115,B117,B12,B121,B127,B130,B132,B133,B135,B136,B137,B15,B19,B2,B20,B23,B25,B27,B29,B31,B32,B33,B35,B36,B4,B44,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B57,B59,B6,B60,B63,B67,B69,B71,B74,B78,B79,B81,B82,B86,B87,B91,B93,C11,C13,C15,C18,C19,C28,C29,C30,C32,C36,C42,C45,C48,C5,C51,C54,C55,C56,C61,C65,C66,C68,C69,C72,C73,C74,C76,C78,C80,C81,C85,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D5,D8
`Chr5:8064305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	56	A10,A11,A22,A24,A7,B100,B101,B107,B112,B114,B125,B126,B128,B19,B22,B24,B3,B30,B32,B46,B47,B52,B54,B60,B62,B63,B7,B73,B74,B83,B84,B9,B91,B96,B99,C1,C19,C22,C23,C24,C3,C32,C37,C40,C43,C50,C51,C56,C58,C65,C71,C78,C80,D2,D4,D9
`Chr5:8064352`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B103,B137,B91
`Chr5:8064352`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B103,B137,B91
`Chr5:8064353`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	B128,B34,B49,B61,B81,B86,C10,C11,C13,C69
`Chr5:8064359`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	22	A18,A4,A6,B104,B105,B107,B119,B134,B137,B29,B49,B60,B64,B66,C20,C38,C39,C5,C52,C6,C79,C87
`Chr5:8064636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,B95
`Chr5:8064746`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B72,B81,C10,C13
`Chr5:8064827`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B137,B29,C28,C52,C67
`Chr5:8064834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr5:8064838`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955270.1
ATGGGAAGCTCCGACATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAGTGGGGGTGTTGTCGGAGCTCCGTCGCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCAAGCACAAGATTGTGTATGATAGGATATGCAATGTCCTAAAGTTCAAGAATATGCACAATGTAGTGCATATTGATGAGAAGTGGTTCTACATCACCAAAGCAAACCACAAATTTTACTTAACTCCAGAGGAAACTGATCCACATCGCGCATGCAAGAGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025475
ATGGGAAGCTCCGACATGGGACTATCACTGCTGCCATGGCGAAGTGGGGGTGTTGTCGGAGCTCCGTCGCGCGTTTATGGCAGGCTGCAAAAAAGGAGCAAGCACAAGATTGTGTATGATAGGATATGCAATGTCCTAAAGTTCAAGAATATGCACAATGTAGTGCATATTGATGAGAAGTGGTTCTACATCACCAAAGCAAACCACAAATTTTACTTAACTCCAGAGGAAACTGATCCACATCGCGCATGCAAGAGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811253.1
MGSSDMGLSLLPWRSGGVVGAPSRVYGRLQKRSKHKIVYDRICNVLKFKNMHNVVHIDEKWFYITKANHKFYLTPEETDPHRACKSKKFIKKVMFSCAVVMPLFNEDGSVLFDGKIGIFPFTEMVPAKRTSKNRLAGTMEEKPIQSITKGVMKDCYISKLIPAIMAKWPQFASKTIYIQQDNAMPHIKDNDPDWRAATTTNGFDIHIVQQPPNSPDTNINDLGWFRAIQSLQVQSVATNEHELVKAVENSFEELSPHTLN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器