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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001008

染色体: Chr05 坐标: 8280302-8283696 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001008
名称SmilChr05G001008
描述uncharacterized SmilChr05G001008
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8280302 - 8283696 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985722
GeneID130985722
locus_tag-
NCBI NameLOC130985722
原始查询SmilChr05G001008

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835552]; symbol=AT5G54630; hit=AT5G54630; species=arabidopsis; confidence=high
产物zinc finger protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835552]; symbol=AT5G54630; hit=AT5G54630; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G54630 (AT5G54630)
zinc finger protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835552]
identity=53.6; qcov=1.23; evalue=1.93e-151; confidence=high
RiceOs06g0683000
-
identity=46.5; qcov=1.15; evalue=2.46e-114; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985722

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057764796.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057764796.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057764796.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764796.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764796.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8280825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:8280839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr5:8280936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:8281255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B81
Chr5:8281304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B38,B39
Chr5:8281427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:8281484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,B99,C87
Chr5:8281486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B8,C13,C44
Chr5:8281499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:8281582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C41,C5
Chr5:8281588 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908816.1
CTAAGCTTGCTCTATGCATATGCAAAAAATTAAATCTTTGAGCCCCACTTGTCAACTAAAAATTGAGTAACACATGTGATAAAACAATGAAAGTTTGCTTGTATAATTGCAGCTTTGTCATATTAAGGATGAATTTGGAGATCTGATTATCATGCTTGCAGTTTTCTATTATTTGGGAAAGTATAAGGGATGTGATGTGTAGGTGGATTGATGTAAGTGCACATATGAACATTGCTGTAATTGCTTGGTTTCTTTATCAA...
XM_057908815.1
CTAAGCTTGCTCTATGCATATGCAAAAAATTAAATCTTTGAGCCCCACTTGTCAACTAAAAATTGAGTAACACATGTGATAAAACAATGAAAGTTTGCTTGTATAATTGCAGCTTTGTCATATTAAGGATGAATTTGGAGATCTGATTATCATGCTTGCAGTTTTCTATTATTTGGGAAAGTATAAGGGATGTGATGTGTAGGTGGATTGATGTAAGTGCACATATGAACATTGCTGTAATTGCTTGGTTTCTTTATCAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130985722
ATGCCGGCTGTTTGGTTCGCTTTGAGGAGGTCGATGAAATGCAGATCACAGCAAGCAGAAGTCCATGATCCCGATGGGGGAAGCAAGAGTCTGAGCAACATCTCGACGAAGAAGACAAGCGGCGGTGGACGGTCTGGTTGCTCGAGGTCTATCGCGAATCTGAAAGACGTGATCAACGGAAGCAAGAGGCACACGGAGAAGCCGCCAATCTGCAGCCCGAGATCCATTGGAAGCAGCGAACTCCTCAACCCTATGACTCA...
LOC130985722
ATGCCGGCTGTTTGGTTCGCTTTGAGGAGGTCGATGAAATGCAGATCACAGCAAGCAGAAGTCCATGATCCCGATGGGGGAAGCAAGAGTCTGAGCAACATCTCGACGAAGAAGACAAGCGGCGGTGGACGGTCTGGTTGCTCGAGGTCTATCGCGAATCTGAAAGACGTGATCAACGGAAGCAAGAGGCACACGGAGAAGCCGCCAATCTGCAGCCCGAGATCCATTGGAAGCAGCGAACTCCTCAACCCTATGACTCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057764796.1
MPAVWFALRRSMKCRSQQAEVHDPDGGSKSLSNISTKKTSGGGRSGCSRSIANLKDVINGSKRHTEKPPICSPRSIGSSELLNPMTHEVILDSETCELKISGASDLAGQRPVALGSPVMRSSSSLSRRVSVSSTRPRSSLGGVSNGALFCPKCGDHFVRWEAVEAHHLSKHAVTELGQGDSSRRIVEMICRARGDSARSGIERILKVHNMHKTLAQFEEYREVVKIRASKLAKKHPRCLADGNELLRFHGATVECSLGMK...
XP_057764797.1
MPAVWFALRRSMKCRSQQAEVHDPDGGSKSLSNISTKKTSGGGRSGCSRSIANLKDVINGSKRHTEKPPICSPRSIGSSELLNPMTHEVILDSETCELKISGASDLAGQRPVALGSPVMRSSSSLSRRVSVSSTRPRSSLGGVSNGALFCPKCGDHFVRWEAVEAHHLSKHAVTELGQGDSSRRIVEMICRARGDSARSGIERILKVHNMHKTLAQFEEYREVVKIRASKLAKKHPRCLADGNELLRFHGATVECSLGMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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