Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001013`

染色体: Chr05 坐标: 8305596-8308246 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001013`
名称	SmilChr05G001013
描述	sulfite exporter TauE/SafE family protein 5-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8305596 - 8308246 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985727`
GeneID	`130985727`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985727`
原始查询	`SmilChr05G001013`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sulfite exporter TauE/SafE family protein 5-like
产物	sulfite exporter TauE/SafE family protein 5-like
Arabidopsis	`AT1G61740` (AT1G61740) Sulfite exporter TauE/SafE family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842471] identity=51.6; qcov=1.02; evalue=6.4e-120; confidence=high
Rice	`Os01g0786800` - identity=47.4; qcov=0.939; evalue=1.91e-98; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0031464 (Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG	-
Pfam	PF01925 (TauE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985727

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057764806.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057764806.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057764806.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764806.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764806.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8305976`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr5:8306068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C73,D6
`Chr5:8307507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B54,C26,C44
`Chr5:8307589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,C20,D4
`Chr5:8307616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B23,B94
`Chr5:8307628`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr5:8307676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,B45,C18,C87
`Chr5:8307679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B45,C87
`Chr5:8307696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B59,B89,C10
`Chr5:8307697`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B90,C20,D3
`Chr5:8307703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B28,B60
`Chr5:8307730`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764806.1

429 aa

214

429

TauE

PF01925 TauE 58-164 aa PF01925 TauE 256-394 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764806.1`	Pfam	`PF01925`	TauE	Family	58	164	4.9e-21	76.2	Sulfite exporter TauE/SafE
`XP_057764806.1`	Pfam	`PF01925`	TauE	Family	256	394	4.9e-21	76.2	Sulfite exporter TauE/SafE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908823.1
CACAATTAATTTATGAATACATAGAGTCGGTTAATTATGTTAGCGCACATAATTCCAAATTCCGGCACCACTTTTAACCTGTCCACCCAAAACTGCAATCCCAATACAAAATGGGATTCGCTTTTCCTTTTTAAATAGGTGTAGATGGACGCTGCAACTCACAAATTCCTATAACTGAAGGTCTTGAGAAAAGAAAAATTCCCAGAAAATGAATCATAAGTTCCTGATCCTTCTCATCTTGTGTTGTGCTTTGTGTATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985727
ATGAATCATAAGTTCCTGATCCTTCTCATCTTGTGTTGTGCTTTGTGTATTTCTGGTGTAGAAATTACTGAAACTACTCCTCAAACCCTCAACATAAGCAGTCGACATTGGACACCATTACCGCACAAGAACACAGTTGGAGGCATTGGCATTCGGTGTGTAGTAGCCGCAAGTGTATCCTTTGTGGCGGCGGCGATCTCCAGCGCGGGAGGTATCGGAGGCGGGGGTTTGTTCATACCCATCCTCACCATCATCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764806.1
MNHKFLILLILCCALCISGVEITETTPQTLNISSRHWTPLPHKNTVGGIGIRCVVAASVSFVAAAISSAGGIGGGGLFIPILTIIAGQDVKTASTYSAFMVTGGSIANVMRSKRLIDYDMALVCQPSLLLGVSCGVVLNVVFPEWLITLLFVVFVAFCTFKTCRSAVVYWSLESRNGGGGEVEAGGSTKVPLLSSTTTDDVDEGKYETPWMSIGMLALIWFSFFVLYLLRGNRYGQGVIEMEACGTEYWIISSMQIPLAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器