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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001016

染色体: Chr05 坐标: 8316357-8319843 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001016
名称SmilChr05G001016
描述cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8316357 - 8319843 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985729
GeneID130985729
locus_tag-
NCBI NameLOC130985729
原始查询SmilChr05G001016

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
产物cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=47.3; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0537500
-
identity=46.4; qcov=0.913; evalue=1.98e-176; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF01657 (Stress-antifung); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985729

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057764807.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764807.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764807.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764807.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764807.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8316972 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 12 A13,B121,B130,B44,B86,C10,C51,C84,C87,D11,D7,D9
Chr5:8317040 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:8317255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B58
Chr5:8317339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr5:8317447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C25,C41,D5
Chr5:8317470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B2,B28,B56,C2
Chr5:8317773 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B9,C44
Chr5:8317773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C44
Chr5:8317882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C44
Chr5:8318885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C8
Chr5:8319157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B41
Chr5:8319316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764807.1
710 aa
N
1
355
710
Stress-antifung
Stress-antifung
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF01657 Stress-antifung 32-125 aa PF01657 Stress-antifung 144-238 aa PF00069 Pkinase 346-555 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 348-545 aa
XP_057764808.1
681 aa
N
1
340
681
Stress-antifung
Stress-antifung
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF01657 Stress-antifung 32-125 aa PF01657 Stress-antifung 144-238 aa PF00069 Pkinase 347-556 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 349-563 aa
XP_057764809.1
680 aa
N
1
340
680
Stress-antifung
Stress-antifung
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF01657 Stress-antifung 32-125 aa PF01657 Stress-antifung 144-238 aa PF00069 Pkinase 346-555 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 348-562 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764807.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 32 125 1.2e-33 116.4 Salt stress response/antifungal
XP_057764807.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 144 238 1.2e-33 116.4 Salt stress response/antifungal
XP_057764807.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 346 555 7.1e-47 160.7 Protein kinase domain
XP_057764807.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 348 545 1.5e-46 159.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764808.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 32 125 1.1e-33 116.5 Salt stress response/antifungal
XP_057764808.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 144 238 1.1e-33 116.5 Salt stress response/antifungal
XP_057764808.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 347 556 1e-46 160.2 Protein kinase domain
XP_057764808.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 349 563 8.3e-47 160.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057764809.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 32 125 1.1e-33 116.5 Salt stress response/antifungal
XP_057764809.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 144 238 1.1e-33 116.5 Salt stress response/antifungal
XP_057764809.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 346 555 1e-46 160.2 Protein kinase domain
XP_057764809.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 348 562 8.3e-47 160.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908826.1
TTCGTTTTTTTTTGAAAAAAAGAAATCAGACCAATCAGAAAGTTTCTAGTGTGAAACTTATTAAATGAATTAGACTTTGTCTGGTTTGGATAGAAACTAGAAAGCCATCCGGAAAGAATTATAGCAGGCTCAGCTCAGCAGGGAGGGTGAATATATACTTGAAAAGAAGGGGGAGGATTGAAGCAAACAGATTTTGGGTTGTCTGCTGCTTTCCCGTAATGTCTTTATGGGGTAACAGCAAAGTCTGGATGATTCTATTG...
XM_057908825.1
AGACTTTGTCTGGTTTGGATAGAAACTAGAAAGCCATCCGGAAAGAATTATAGCAGGCTCAGCTCAGCAGGGAGGGTGAATATATACTTGAAAAGAAGGGGGAGGATTGAAGCAAACAGATTTTGGGTTGTCTGCTGCTTTCCCGTAATGTCTTTATGGGGTAACAGCAAAGTCTGGATGATTCTATTGATCCTCCTCATATACTTTTCATCCTGGGCCACCGCCCAGAATCCCTACCAATGTACCAGCAATGGGAATTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985729
ATGTCTTTATGGGGTAACAGCAAAGTCTGGATGATTCTATTGATCCTCCTCATATACTTTTCATCCTGGGCCACCGCCCAGAATCCCTACCAATGTACCAGCAATGGGAATTACACAATCAACAGCACATACAGCGCCAATCTCAACGCCTTACTCCGCTCTCTTTCCGTCAACATGAGCGACTACGGCTTCCGCAGCGCGTCGGTGGGGCAGAGCACAAACACAGTCAATGGTCTCGCCCTGTGCAGAGCCGACCAAAC...
LOC130985729
ATGTCTTTATGGGGTAACAGCAAAGTCTGGATGATTCTATTGATCCTCCTCATATACTTTTCATCCTGGGCCACCGCCCAGAATCCCTACCAATGTACCAGCAATGGGAATTACACAATCAACAGCACATACAGCGCCAATCTCAACGCCTTACTCCGCTCTCTTTCCGTCAACATGAGCGACTACGGCTTCCGCAGCGCGTCGGTGGGGCAGAGCACAAACACAGTCAATGGTCTCGCCCTGTGCAGAGCCGACCAAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057764807.1
MSLWGNSKVWMILLILLIYFSSWATAQNPYQCTSNGNYTINSTYSANLNALLRSLSVNMSDYGFRSASVGQSTNTVNGLALCRADQTLQLCRDCVESATREVLRSCPNERQAAIWYEFCTLRYSDDPIYRTQTADPTFILRNTQNVTNGTRLREERATLVTDLINQAANGSSQLKVGVGRRSVSDPEYSAIYALVQCTPDFSSEDCRRCLSEASRGYQTYTAQGFRVLNPSCNIRYELSTFYNETRLRELRLPIVGSSPP...
XP_057764808.1
MSLWGNSKVWMILLILLIYFSSWATAQNPYQCTSNGNYTINSTYSANLNALLRSLSVNMSDYGFRSASVGQSTNTVNGLALCRADQTLQLCRDCVESATREVLRSCPNERQAAIWYEFCTLRYSDDPIYRTQTADPTFILRNTQNVTNGTRLREERATLVTDLINQAANGSSQLKVGVGRRSVSDPEYSAIYALVQCTPDFSSEDCRRCLSEASRGYQTYTAQGFRVLNPSCNIRYELSTFYNETRLRELRLPIVGSSPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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