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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001030`

染色体: Chr05 坐标: 8448897-8455607 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001030`
名称	SmilChr05G001030
描述	tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8448897 - 8455607 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985745`
GeneID	`130985745`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985745`
原始查询	`SmilChr05G001030`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
产物	tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
Arabidopsis	`AT5G15170` (TDP1) tyrosyl-DNA phosphodiesterase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831369] identity=58.6; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0530100` (P0681F05.112) - identity=57; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000012 (single strand break repair); GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006302 (double-strand break repair); GO:0017005 (3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity)
KEGG	smil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF06087 (Tyr-DNA_phospho)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985745

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764835.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057764835.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057764835.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764835.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764835.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8449262`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:8449365`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B122,C32,C68
`Chr5:8449365`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B122,C32,C68
`Chr5:8449447`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,B75
`Chr5:8449471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B52,B84,B98,C67,C79
`Chr5:8449822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B136,B35
`Chr5:8449934`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:8450079`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:8451284`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C62
`Chr5:8452790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr5:8454399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B13,B21,B37
`Chr5:8454822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B54,B60,C26,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764835.1

663 aa

332

663

Tyr-DNA_phospho

PF06087 Tyr-DNA_phospho 192-629 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764835.1`	Pfam	`PF06087`	Tyr-DNA_phospho	Domain	192	629	8.2e-102	342.0	Tyrosyl-DNA phosphodiesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908852.1
CAAGCTGTTTCACAGATCGTTACCATCCTAATTCAGTCTTACAAATTTCTCTAGGCCAAATTGTGTTGATAATTGTTACAGTTAAACGTAGTCTCGTTTCACAGAAAATTATTGAATTAGAACAATAGAGCCGGCCATTAACATAATGATTTCAGTATGGATTGATTTGAAAATAAAAGAAATAACATTCCCCACCGTTGGTGTTCTTTGGACATCTTGAAGTGAGGAGTGAGGAGCAGTCATCTTTTCCCCAATCCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985745
ATGGCCGCTGCTCCACCGGGTGGGTTCTTGGTGCCTTTAAATGGTAATTCGAAGGAAGGCAAGTGTTCAATTCCCAAAATTGTACTTTCACAGGACACCACTTACATAGGGCGCGACATCATTCCTGTTGCTGATAAGCGTCTCAGCCGGAGACATATTGCGGTTACCACCTCTGCTGATGGCTCTGCTCATATTCTCGTCGAAGGATCCAACCCGGTTGTCGTACAATCCAAAGGTCAAAGAAATAAGCTTTCGTCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764835.1
MAAAPPGGFLVPLNGNSKEGKCSIPKIVLSQDTTYIGRDIIPVADKRLSRRHIAVTTSADGSAHILVEGSNPVVVQSKGQRNKLSSGAKWKVQTGDVIELIPGHYLFKYVAANDTMEGRTPTITREKRPSGEESSKGKQLAQSRKRMHRVPEEEARTENSNDVLQHSNQEPNTSFEGIRNFQISKNKLPLTFRLLRVKELPEWANTNAVSINDVIQGNVLMAVLSNYMVDIDWLLSECPMLKKVHHVLVIHGEGDGTLAH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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