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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001036

染色体: Chr05 坐标: 8501925-8503975 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001036
名称SmilChr05G001036
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21170
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8501925 - 8503975 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985747
GeneID130985747
locus_tag-
NCBI NameLOC130985747
原始查询SmilChr05G001036

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21170
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21170
ArabidopsisAT4G21170 (AT4G21170)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827865]
identity=34.5; qcov=0.973; evalue=2.22e-107; confidence=low
RiceOs03g0597200 (YSA)
-
identity=22.8; qcov=0.971; evalue=4.08e-29; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985747

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057764837.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764837.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764837.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764837.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764837.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8501975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr5:8502004 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B140,B23
Chr5:8502081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,C26
Chr5:8502119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B55
Chr5:8502186 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A1,A7,B82,C21,C24,C41,C72
Chr5:8502218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C72
Chr5:8502227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B91,C58
Chr5:8502229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr5:8502412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr5:8502753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr5:8503026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B130,B136,B35
Chr5:8503097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764837.1
582 aa
N
1
291
582
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
C
PF01535 PPR 255-283 aa PF13041 PPR_2 502-548 aa PF01535 PPR 504-530 aa PF01535 PPR 538-567 aa PF13041 PPR_2 538-581 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764837.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 255 283 3e-21 74.8 PPR repeat
XP_057764837.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 502 548 5.4e-39 132.8 PPR repeat family
XP_057764837.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 504 530 3e-21 74.8 PPR repeat
XP_057764837.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 538 567 3e-21 74.8 PPR repeat
XP_057764837.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 538 581 5.4e-39 132.8 PPR repeat family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908854.1
TGATGCTCTATTTCTTCAGCAGCCTCGAAAATGCGCATAAACAAACTTCCCGATAATCCAAATGTGTCAAAATTCTTCAGAACTACAAGCGAAAGCTCGAGTTCCAATTGGAGAACCCAAATCAATCAAACCCAATTAGTTTCGCAAGCATCCACAGTTGTCTTGCAGAGACACCCCAAATTATGGGCTTCACTCCTCAAACCCCTTCAAATTTCGTCCAATTTAACACCATCTCTGTTTCACCAAATCTTGAATAGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985747
ATGCGCATAAACAAACTTCCCGATAATCCAAATGTGTCAAAATTCTTCAGAACTACAAGCGAAAGCTCGAGTTCCAATTGGAGAACCCAAATCAATCAAACCCAATTAGTTTCGCAAGCATCCACAGTTGTCTTGCAGAGACACCCCAAATTATGGGCTTCACTCCTCAAACCCCTTCAAATTTCGTCCAATTTAACACCATCTCTGTTTCACCAAATCTTGAATAGAATCCGAACCCAACCAAAACTCTGTTTCGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764837.1
MRINKLPDNPNVSKFFRTTSESSSSNWRTQINQTQLVSQASTVVLQRHPKLWASLLKPLQISSNLTPSLFHQILNRIRTQPKLCFDFFNWARENLDFKPDIAARCELTRILFGSELSKLGKPILNSIVLDYPPATIVSLFQPRRNADFQNISPVLNHVIECYYSEQMYFQSLEFYLMVRKNGVRLSVDASNKLLKFLVDKNELRLAWCFYASIIRDGISGNHSTWSLIAKIFYKDGKFERIGRMFDVGVYTREMFDLIID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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