Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001053`

染色体: Chr05 坐标: 8718649-8720283 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001053`
名称	SmilChr05G001053
描述	vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog 2
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8718649 - 8720283 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985767`
GeneID	`130985767`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985767`
原始查询	`SmilChr05G001053`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog 2
产物	vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog 2
Arabidopsis	`AT4G05000` (VPS28-2) Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825842] identity=85.6; qcov=0.995; evalue=2.35e-137; confidence=high
Rice	`Os01g0781000` - identity=64.3; qcov=1.02; evalue=7.58e-95; confidence=high
GO	GO:0000813 (ESCRT I complex); GO:0043328 (protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway); GO:0044877 (protein-containing complex binding)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03997 (VPS28)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985767

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057764870.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057764870.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.60000	`XP_057764870.1`
4	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.40000	`XP_057764870.1`
5	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.40000	`XP_057764870.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8719183`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	22	A1,A14,A2,B3,B46,B49,B56,B6,B61,B64,B97,C13,C21,C22,C25,C29,C54,C66,C79,C86,D10,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764870.1

209 aa

104

209

VPS28

PF03997 VPS28 18-204 aa

XP_057764871.1

209 aa

104

209

VPS28

PF03997 VPS28 18-204 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764870.1`	Pfam	`PF03997`	VPS28	Family	18	204	1.6e-72	244.0	VPS28 protein
`XP_057764871.1`	Pfam	`PF03997`	VPS28	Family	18	204	1.6e-72	244.0	VPS28 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908888.1
CTCGACAAGTTGTTGAAGAAAAAAGAGGAAGCAAAAGAATAGAGGGGAATAGACGACTATGAATAATTTATTCTGAAATAAACCCCACACGCAATCTCACTCAGACTGGCAGACAACCTGCTCTCACTCTTCCCATAATTCAAAGCGCGTCTTCTTTCTCTTGGTAAGAGTGCTTTTTTTGCGGGTGTCCCATTCTCTTCTCCAATCCGATATCTACATACATATATATATATATATATAAATATATATATTTATAATAG...

XM_057908887.1
TGGCAGACAACCTGCTCTCACTCTTCCCATAATTCAAAGCGCGTCTTCTTTCTCTGTAAGGGCTTCTATCTCTCTCTAGAGATATTCTCCCCCTTGTAACTTTGCTGTGTATTTTAATTTGTTGGAATTTTATTTGTTATGCTATGGTTCTTCCGGTGGAACCGATGTACTGAGTGGTAAGAGTGCTTTTTTTGCGGGTGTCCCATTCTCTTCTCCAATCCGATATCTACATACATATATATATATATATATAAATATAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985767
ATGGAGGTTAAGCTATGGAACGACAAGCGCGAAAGGGAGATGTACGACAATTTCGCCGAGCTCTTTGCGATTATAAAGGCAACAGAGAAGCTTGAGAAAGCTTATGTGCGGGATGTAATATCTCCTGCCGAGTATGAAATTGAATGCCAAAAGTTGATTGCCCATTTCAAAACGCTGTCTTCCACGTTGAAAGACATTGTACCTAGCATTGAGAGGTTTCATGATACTTACAAGATGGATTGTCCTGCAGCCATAAACCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057764870.1
MEVKLWNDKREREMYDNFAELFAIIKATEKLEKAYVRDVISPAEYEIECQKLIAHFKTLSSTLKDIVPSIERFHDTYKMDCPAAINRLVTSGVPATVEHRAAAATSNTTSAAIVAECVQNFITAMDSLKLNMVAVDQVHPLLSDLSASLNKLAILPPDFEGKTKMRDWIARLSKMGAADELTEQQARQLHFDLESSYNSFMAALPTAGT

XP_057764871.1
MEVKLWNDKREREMYDNFAELFAIIKATEKLEKAYVRDVISPAEYEIECQKLIAHFKTLSSTLKDIVPSIERFHDTYKMDCPAAINRLVTSGVPATVEHRAAAATSNTTSAAIVAECVQNFITAMDSLKLNMVAVDQVHPLLSDLSASLNKLAILPPDFEGKTKMRDWIARLSKMGAADELTEQQARQLHFDLESSYNSFMAALPTAGT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器