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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001054

染色体: Chr05 坐标: 8735861-8739073 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001054
名称SmilChr05G001054
描述N6-mAMP deaminase
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8735861 - 8739073 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985754
GeneID130985754
locus_tag-
NCBI NameLOC130985754
原始查询SmilChr05G001054

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述N6-mAMP deaminase
产物N6-mAMP deaminase
ArabidopsisAT4G04880 (AT4G04880)
adenosine/AMP deaminase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825826]
identity=68; qcov=0.983; evalue=1.61e-176; confidence=high
RiceOs07g0661000 (P0496C02.124)
-
identity=62.2; qcov=0.972; evalue=3.77e-163; confidence=high
GOGO:0004000 (adenosine deaminase activity); GO:0006154 (adenosine catabolic process); GO:0046103 (inosine biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF00962 (A_deaminase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985754

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057764847.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057764847.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764847.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764847.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764847.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8737442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:8737445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B120,B76,C53,D1
Chr5:8737573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:8737574 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 17 A15,B26,B4,B42,B43,B54,B59,B93,C10,C18,C3,C30,C4,C52,C60,D10,D9
Chr5:8737606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B120,B76,C53,D1
Chr5:8738672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B23
Chr5:8738852 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D11,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764847.1
401 aa
N
1
200
401
A_deaminase
A_deaminase
C
PF00962 A_deaminase 18-132 aa PF00962 A_deaminase 217-389 aa
XP_057764848.1
391 aa
N
1
196
391
A_deaminase
A_deaminase
C
PF00962 A_deaminase 8-122 aa PF00962 A_deaminase 207-379 aa
XP_057764849.1
372 aa
N
1
186
372
A_deaminase
C
PF00962 A_deaminase 18-360 aa
XP_057764850.1
322 aa
N
1
161
322
A_deaminase
C
PF00962 A_deaminase 12-310 aa
XP_057764852.1
322 aa
N
1
161
322
A_deaminase
C
PF00962 A_deaminase 12-310 aa
XP_057764853.1
362 aa
N
1
181
362
A_deaminase
C
PF00962 A_deaminase 8-350 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764847.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 18 132 2.8e-43 149.0 Adenosine deaminase
XP_057764847.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 217 389 2.8e-43 149.0 Adenosine deaminase
XP_057764848.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 8 122 2.5e-43 149.1 Adenosine deaminase
XP_057764848.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 207 379 2.5e-43 149.1 Adenosine deaminase
XP_057764849.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 18 360 1e-47 163.6 Adenosine deaminase
XP_057764850.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 12 310 3.7e-39 135.4 Adenosine deaminase
XP_057764852.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 12 310 3.7e-39 135.4 Adenosine deaminase
XP_057764853.1 Pfam PF00962 A_deaminase Domain 8 350 9e-48 163.7 Adenosine deaminase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908864.1
AAGCATTCTACTAACTGAACTTCACTTGATCCTCAAACTTCATTTGTCTGACGATGACTTGAACCTCGGTCTAATAATCAGAGAGAAAGCATTTTACTTAGTGAACTTCACTTGATCTTCAAATTTTAGAGTTATTTAATTTGTGGTTGTTTACGAGTGTGGGGTCTTAGGAAATGAAAGGATAATAAGATTGGGTTGACCAAAATGAATAAGAATTTCTTTTAATTTCAAAAGTTCTCTTGAAATTGAATCATTTTCAA...
XM_057908866.1
AAGCATTCTACTAACTGAACTTCACTTGATCCTCAAACTTCATTTGTCTGACGATGACTTGAACCTCGGTCTAATAATCAGAGAGAAAGCATTTTACTTAGTGAACTTCACTTGATCTTCAAATTTTAGAGTTATTTAATTTGTGGTTGTTTACGAGTGTGGGGTCTTAGGAAATGAAAGGATAATAAGATTGGGTTGACCAAAATGAATAAGAATTTCTTTTAATTTCAAAAGTTCTCTTGAAATTGAATCATTTTCAA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130985754
ATGTTTCAAGTGCATTGCAAGTGGAGAGACATGGAGTGGTGTGTGTCGATGCCCAAAATTGAACTCCACGCGCATCTCAATGGCTCAATCAGAGACTCCACGCTGCTGGAGCTTGCCAGAGAACTAGGCGAGAAGGGTGCTATAGTTTTCTCAGACGTTGAGCATGTTATTCTGAAAAGTGATCGATCTCTGAATGAAGTATTCAAGTTGTTTGATTTGATTCATATTATTACAACTGACCACAAAACTGTTGCGAGGAT...
LOC130985754
ATGTTTCAAGTGCATTGCAAGTGGAGAGACATGGAGTGGTGTGTGTCGATGCCCAAAATTGAACTCCACGCGCATCTCAATGGCTCAATCAGAGACTCCACGCTGCTGGAGCTTGCCAGAGAACTAGGCGAGAAGGGTGCTATAGTTTTCTCAGACGTTGAGCATGTTATTCTGAAAAGTGATCGATCTCTGAATGAAGTATTCAAGTTGTTTGATTTGATTCATATTATTACAACTGACCACAAAACTGTTGCGAGGAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057764847.1
MFQVHCKWRDMEWCVSMPKIELHAHLNGSIRDSTLLELARELGEKGAIVFSDVEHVILKSDRSLNEVFKLFDLIHIITTDHKTVARITKEVIEDFAADNVIYLELRTTPKRNDSKGMSKRSYMEAVLEGIRSVNSVEVDLSGKLKTDASAHPHSVDGLCNGIGSKKIYVRLLLSIDRRETAEAAMETVSSLYDQTKLQVINCFGSRDLSDCYLFLKVELAVDLKDFGVVGIDLSGNPNVGQWMTFLPALEFAKKQGLPIT...
XP_057764848.1
MEWCVSMPKIELHAHLNGSIRDSTLLELARELGEKGAIVFSDVEHVILKSDRSLNEVFKLFDLIHIITTDHKTVARITKEVIEDFAADNVIYLELRTTPKRNDSKGMSKRSYMEAVLEGIRSVNSVEVDLSGKLKTDASAHPHSVDGLCNGIGSKKIYVRLLLSIDRRETAEAAMETVSSLYDQTKLQVINCFGSRDLSDCYLFLKVELAVDLKDFGVVGIDLSGNPNVGQWMTFLPALEFAKKQGLPITLHCGEVPNSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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