当前解析结果
SmilChr05G001063| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001063 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001063 |
| 描述 | 15.4 kDa class V heat shock protein |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 8793951 - 8794633 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985776 |
|---|---|
| GeneID | 130985776 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985776 |
| 原始查询 | SmilChr05G001063 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 15.4 kDa class V heat shock protein |
| 产物 | 15.4 kDa class V heat shock protein |
| Arabidopsis | AT4G21870 (AT4G21870)HSP20-like chaperones superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828276] identity=53.2; qcov=0.901; evalue=8.89e-30; confidence=medium |
| Rice | Os07g0517100 (HSP18.8)- identity=55.1; qcov=0.736; evalue=7.95e-25; confidence=medium |
| GO | GO:0006457 (protein folding); GO:0009408 (response to heat); GO:0009651 (response to salt stress); GO:0042542 (response to hydrogen peroxide); GO:0043621 (GO:0043621); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051259 (protein complex oligomerization) |
| KEGG | smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00011 (HSP20) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985776 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057764881.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057764881.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057764881.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764881.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764881.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:8794115 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr5:8794357 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:8794365 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B48 |
Chr5:8794365 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764881.1PF00011
HSP20 31-105 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764881.1 |
Pfam | PF00011 |
HSP20 | Domain | 31 | 105 | 9.4e-16 | 58.5 | Hsp20/alpha crystallin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。