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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001064

染色体: Chr05 坐标: 8795282-8797512 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001064
名称SmilChr05G001064
描述uncharacterized SmilChr05G001064
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8795282 - 8797512 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025485
GeneID131025485
locus_tag-
NCBI NameLOC131025485
原始查询SmilChr05G001064

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger MYND domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828278]; symbol=AT4G21890; hit=AT4G21890; species=arabidopsis; confidence=high
产物zinc finger MYND domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828278]; symbol=AT4G21890; hit=AT4G21890; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G21890 (AT4G21890)
zinc finger MYND domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828278]
identity=52.9; qcov=1.09; evalue=4.21e-75; confidence=high
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025485

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811263.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811263.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811263.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057811263.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811263.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8796329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:8796331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B41,B79,C3
Chr5:8796389 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B35,B82,C32,C68
Chr5:8796396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:8796415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B35,B82,C32,C68
Chr5:8796514 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr5:8796522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B41,B79,C3,D6
Chr5:8796531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B27,B91,C58
Chr5:8796575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B34,B40,B58,C8
Chr5:8796641 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B21
Chr5:8796641 CTA C 2bp_deletion CDS_variant 1 B21
Chr5:8796659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955280.1
ATGGACGAGCATTTGAAGAATCTGGAAATTGCACCTAATTTCCCAACATGCCTAATGAAAATCGATGGGGTCGGGCCTCCATTTATTAAGTCTCTGTTCAAAACTGTTGCATCTCTGTACCGGACCGATCCGTGGCGGCGGTTACGGCCGGGACACCTCTTCGGCGTTAGGGTTGGGAAGGACCACGACTGGTACGGCCGGAGACAGCCGTTTCCGTGTATCCAATTCATCGGCGGAGACGTCCGCGATTTGGCGATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025485
ATGGACGAGCATTTGAAGAATCTGGAAATTGCACCTAATTTCCCAACATGCCTAATGAAAATCGATGGGGTCGGGCCTCCATTTATTAAGTCTCTGTTCAAAACTGTTGCATCTCTGTACCGGACCGATCCGTGGCGGCGGTTACGGCCGGGACACCTCTTCGGCGTTAGGGTTGGGAAGGACCACGACTGGTACGGCCGGAGACAGCCGTTTCCGTGTATCCAATTCATCGGCGGAGACGTCCGCGATTTGGCGATTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811263.1
MDEHLKNLEIAPNFPTCLMKIDGVGPPFIKSLFKTVASLYRTDPWRRLRPGHLFGVRVGKDHDWYGRRQPFPCIQFIGGDVRDLAIHMFRSAEDALKTTGGRXTIIAGNVEVLKVTYKVESLMFASNKRMIKCLGLERSGEDRFPVFDVVRCRASGELEFRNPTFEELRFCYGVLMAAGLVQEDGTRARRTTAFQPLIETVDVQQGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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