Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001066`

染色体: Chr05 坐标: 8803609-8805728 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001066`
名称	SmilChr05G001066
描述	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	8803609 - 8805728 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985775`
GeneID	`130985775`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985775`
原始查询	`SmilChr05G001066`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
产物	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
Arabidopsis	`AT4G04780` (MED21) mediator 21 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825815] identity=80.6; qcov=1.01; evalue=5.1e-71; confidence=high
Rice	`Os08g0135600` (OsMED21) - identity=69.1; qcov=0.493; evalue=2.2e-25; confidence=medium
GO	GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016592 (mediator complex)
KEGG	-
Pfam	PF11221 (Med21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764880.1`
2	Chromosome	染色体	0.80000	`XP_057764880.1`
3	Centromere	着丝粒	0.40000	`XP_057764880.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764880.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057764880.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:8804220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:8804558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,C20,C5,D4
`Chr5:8805234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B68,C17,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764880.1

138 aa

138

Med21

PF11221 Med21 1-128 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764880.1`	Pfam	`PF11221`	Med21	Family	1	128	3.9e-27	96.0	Subunit 21 of Mediator complex

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908897.1
TATGAATAAGGTAGTGTAATTCTTTCTTTTACTTTTCCTCTCATTCTTTTAATTTTTAATTATTTTTTCTATTTTCCCTCATTCTCCCTCCCATTTCGTGTTCTACATTCTTCTTCCCTTTCTCCTATTTCCGGCGCTCCGCCGTCTTCACTCCGCCCCTGCCGCCACCATCCCGGAACACCCACCCTGTTGGGCTCGCCGCCTTGACCCGATTTGGAACCTGTTCCAGATCGGCTGCTCGTCCACAACTTCACAATCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985775
ATGGATATAATATCTCAATTGCAAGAGCAGGTTAACACAGTAGCATCTCTTGCCTTCAACACATTTGGGACGCTTCAAAGGGACGCGCCGCCGGTTCAGCTGTCGCCCAACTACCCGGAGCCTCCTGCTAATCCCCCTGTCGAAGACGCCGCTAATCTCGCCGAACAGCCAAAACTTCTTAGCTCTGAATTGGTCAAAGCAGCCAAGCAGTTTGATGCTTTGGTTGCTGCACTTCCATTAGCTGAGGGCGGTGAAGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764880.1
MDIISQLQEQVNTVASLAFNTFGTLQRDAPPVQLSPNYPEPPANPPVEDAANLAEQPKLLSSELVKAAKQFDALVAALPLAEGGEEAQLQRIVELQAENDVIGQELQKQLEAAEKELRQVQELFGQAADNCLNLKKPD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器