当前解析结果
SmilChr05G001071| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001071 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001071 |
| 描述 | heat shock 70 kDa protein 16 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 8856000 - 8864137 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985742 |
|---|---|
| GeneID | 130985742 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985742 |
| 原始查询 | SmilChr05G001071 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat shock 70 kDa protein 16 |
| 产物 | heat shock 70 kDa protein 16 |
| Arabidopsis | AT1G11660 (AT1G11660)heat shock protein 70 (Hsp 70) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837710] identity=60.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0180800- identity=49.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006457 (protein folding); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00012 (HSP70); PF06723 (MreB_Mbl) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985742 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057764831.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057764831.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057764831.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057764831.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764831.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:8856905 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,A4,C20,D4 |
Chr5:8857133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,A24,C18,D3 |
Chr5:8857199 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B19,B42,B43,B62,B72 |
Chr5:8857419 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,C20,D4 |
Chr5:8857557 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:8857592 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B76,C53 |
Chr5:8857641 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C73,D6 |
Chr5:8857764 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr5:8859124 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,A4,C20,D4 |
Chr5:8860934 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B125,B77 |
Chr5:8861652 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C39 |
Chr5:8861813 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | C60,C73,D11,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764831.1PF00012
HSP70 5-655 aa
PF06723
MreB_Mbl 121-377 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764831.1 |
Pfam | PF00012 |
HSP70 | Family | 5 | 655 | 2.6e-143 | 479.1 | Hsp70 protein |
XP_057764831.1 |
Pfam | PF06723 |
MreB_Mbl | Family | 121 | 377 | 1.2e-11 | 44.7 | MreB/Mbl protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
7 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。