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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001077

染色体: Chr05 坐标: 8956587-8958982 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001077
名称SmilChr05G001077
描述uncharacterized SmilChr05G001077
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向8956587 - 8958982 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985784
GeneID130985784
locus_tag-
NCBI NameLOC130985784
原始查询SmilChr05G001077

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述actin cytoskeleton-regulatory complex pan-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821579]; symbol=AT3G20350; hit=AT3G20350; species=arabidopsis; confidence=low
产物actin cytoskeleton-regulatory complex pan-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821579]; symbol=AT3G20350; hit=AT3G20350; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G20350 (AT3G20350)
actin cytoskeleton-regulatory complex pan-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821579]
identity=33.9; qcov=0.668; evalue=3.56e-37; confidence=low
RiceOs04g0625000
-
identity=34.2; qcov=0.53; evalue=1.26e-27; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985784

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057764884.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057764884.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057764884.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764884.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764884.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:8957157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B42,B43,B62,B72
Chr5:8957337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B108,B113,B9,C43
Chr5:8957488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr5:8957566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C38
Chr5:8957574 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 180 A1,A10,A11,A14,A16,A2,A20,A22,A24,A25,A3,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B106,B107,B108,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B37,B38,B4,B40,B41,B42,B44,B47,B49,B5,B50,B52,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B63,B64,B65,B67,B68,B73,B74,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B9,B91,B95,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C17,C18,C19,C23,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C33,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C47,C48,C5,C51,C52,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C6,C61,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D11,D3,D5,D7,D9
Chr5:8957582 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 196 A1,A10,A11,A14,A16,A18,A2,A20,A22,A24,A25,A3,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B106,B107,B108,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B140,B15,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B31,B32,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B5,B50,B52,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B70,B73,B74,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B9,B91,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C15,C17,C18,C19,C23,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C33,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C47,C48,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D3,D5,D7,D9
Chr5:8957696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr5:8957772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr5:8957807 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C20
Chr5:8957807 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C20
Chr5:8957829 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C20
Chr5:8957829 GTA G 2bp_deletion CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908901.1
TATTTTATTTAATGATGAAAGCAAATGAATTTAGGGGGGCCTTAGATGGCGCATGAAATTTAGTGCACATAGTAAGATACAGACAAGGCAGAAGCCAACACACATTACACATACATACTCTGCTTATTATTATCTGACAAATTCCCTCGGACTATTTCACCCTTCCATCCACGCACATACACACATGGAATCCAACAACTTTCCTCCACACCGCTGAATCAGCGTGATGCTTCCCGATGCCACTCCTTTTCTCGGCTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985784
ATGCTTCCCGATGCCACTCCTTTTCTCGGCTGGAACCAGCCTCGTCGCCGTCGGGACTCCGTTTCCGCCAGAAAGCTCGCCGCCTCGCTGTGGCACTTGCCTGCTGCCTACCAATGTCGCCTCTCATTTGATCGCTTCGGTTTTCAGTTTTGTTCATCATTGCCGATTCCCAATTTGGAAGGAGCTACGAAATGGGATTTCTGCGACTCAAAAGCACGTCATTGTGCTCATGAGTTTCACAGCTCAGCACTTGCTAAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764884.1
MLPDATPFLGWNQPRRRRDSVSARKLAASLWHLPAAYQCRLSFDRFGFQFCSSLPIPNLEGATKWDFCDSKARHCAHEFHSSALAKQAQRNRMRKIDEERASTMRVRREHHLMMCSAINNLAKGVRSERRICKNIDKMNSTLLRDIADAKLSAMKLIWSLRKEKKARDELEGACYDLAREIEARKAEIRALRDEQERIQLEVEEERKMLQTAEVWREEQAQMKLADANLILEDKYAEVNGLIADLKAFLTSSGSSSNAGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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