当前解析结果
SmilChr05G001086| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001086 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001086 |
| 描述 | protein S40-7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 9052677 - 9053861 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985791 |
|---|---|
| GeneID | 130985791 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985791 |
| 原始查询 | SmilChr05G001086 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein S40-7-like |
| 产物 | protein S40-7-like |
| Arabidopsis | AT4G21970 (AT4G21970)senescence regulator (Protein of unknown function, DUF584) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828286] identity=54.1; qcov=0.912; evalue=7.4e-35; confidence=medium |
| Rice | Os04g0520700 (OsS40-13)- identity=35.4; qcov=1.07; evalue=5.02e-18; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04520 (Senescence_reg) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985791 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.60000 | XP_057764895.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057764895.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057764895.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764895.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057764895.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:9053190 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,C65 |
Chr5:9053240 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr5:9053470 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 41 | A16,A2,A24,B100,B11,B110,B111,B112,B115,B12,B130,B2,B25,B27,B37,B42,B43,B46,B47,B63,B80,B82,B94,C19,C21,C3,C35,C42,C44,C46,C5,C53,C55,C6,C69,C70,C75,C79,C9,D1,D2 |
Chr5:9053537 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 45 | A10,A11,A13,A19,A23,A6,B10,B107,B11,B131,B135,B136,B19,B20,B21,B23,B28,B36,B37,B41,B61,B62,B63,B70,B79,B89,B95,C13,C17,C24,C25,C26,C34,C36,C37,C39,C40,C56,C60,C62,C73,C82,C87,D10,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057764895.1PF04520
Senescence_reg 33-148 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057764895.1 |
Pfam | PF04520 |
Senescence_reg | Family | 33 | 148 | 1.5e-38 | 134.0 | Senescence regulator |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。