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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001086

染色体: Chr05 坐标: 9052677-9053861 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001086
名称SmilChr05G001086
描述protein S40-7-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9052677 - 9053861 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985791
GeneID130985791
locus_tag-
NCBI NameLOC130985791
原始查询SmilChr05G001086

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein S40-7-like
产物protein S40-7-like
ArabidopsisAT4G21970 (AT4G21970)
senescence regulator (Protein of unknown function, DUF584) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828286]
identity=54.1; qcov=0.912; evalue=7.4e-35; confidence=medium
RiceOs04g0520700 (OsS40-13)
-
identity=35.4; qcov=1.07; evalue=5.02e-18; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04520 (Senescence_reg)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985791

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057764895.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057764895.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057764895.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764895.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764895.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9053190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C65
Chr5:9053240 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr5:9053470 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 41 A16,A2,A24,B100,B11,B110,B111,B112,B115,B12,B130,B2,B25,B27,B37,B42,B43,B46,B47,B63,B80,B82,B94,C19,C21,C3,C35,C42,C44,C46,C5,C53,C55,C6,C69,C70,C75,C79,C9,D1,D2
Chr5:9053537 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 45 A10,A11,A13,A19,A23,A6,B10,B107,B11,B131,B135,B136,B19,B20,B21,B23,B28,B36,B37,B41,B61,B62,B63,B70,B79,B89,B95,C13,C17,C24,C25,C26,C34,C36,C37,C39,C40,C56,C60,C62,C73,C82,C87,D10,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764895.1
148 aa
N
1
74
148
Senescence_reg
C
PF04520 Senescence_reg 33-148 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764895.1 Pfam PF04520 Senescence_reg Family 33 148 1.5e-38 134.0 Senescence regulator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908912.1
CGTAACCATTAAAAAACCCCACCTCTTTAATAATTCAACTTCAACCCACCAGACTACAGCATACTTCTCATGTGAAAATATATCATATCCCCAGTTTTTTCATTTTTTGTTGCCATTTTCTTTTCCAGTTTTGATGCATGTCATGTGTATCTCTCTGGATTTGTCTTTTTCCCTCTCCTGCTGCAACAAACTCGTTTTATTCACTCCTTTATATAAGTAAATTTCCCTTTGGAGTTTTGCGGTAGAATTTCAAATAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985791
ATGGCGGGTTTTCACGGCGGCGGCGGAGGAATGGCCGCGGAAGATTATGAAGAAGAGGAGGTGTGGGCCATGCTCAAGGCGAAAGATCAAGGCTCAAACTCCATCTCCAAAATAACAAGGAATTTATCCACCTCCTCCTCGACTTCGAGGGCCATTCCGAGATCCGCCTCCTCCTCCGGCGGCGCGTCGTCGGCCCCCCTCACCATCCCCGACTGGTCCAAAATCTTGAAGAAGAAACCCAAGAAGAATATGTGGGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764895.1
MAGFHGGGGGMAAEDYEEEEVWAMLKAKDQGSNSISKITRNLSTSSSTSRAIPRSASSSGGASSAPLTIPDWSKILKKKPKKNMWDDGDDGDGDGDDEMLPPHEYLARRLASTQIASFSMCEGVGRTLKGRDLSNLRNAILTKTGFLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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