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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001090

染色体: Chr05 坐标: 9086555-9091684 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001090
名称SmilChr05G001090
描述uncharacterized SmilChr05G001090
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9086555 - 9091684 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985795
GeneID130985795
locus_tag-
NCBI NameLOC130985795
原始查询SmilChr05G001090

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501]; symbol=AT1G62050; hit=AT1G62050; species=arabidopsis; confidence=high
产物Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501]; symbol=AT1G62050; hit=AT1G62050; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G62050 (AT1G62050)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501]
identity=58.5; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0512100
-
identity=45.4; qcov=1.04; evalue=3.08e-146; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF11904 (ANKRD13_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985795

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057764897.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057764897.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764897.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764897.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764897.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9088297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr5:9089070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr5:9089631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr5:9089648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B7,B74,C59,C65,D9
Chr5:9089742 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 A13
Chr5:9089742 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 A13
Chr5:9089795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr5:9089919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B99,C25,C53,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764897.1
568 aa
N
1
284
568
Ank
ANKRD13_C
C
PF00023 Ank 80-109 aa PF11904 ANKRD13_C 195-547 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764897.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 80 109 6.9e-06 26.8 Ankyrin repeat
XP_057764897.1 Pfam PF11904 ANKRD13_C Domain 195 547 8.6e-97 325.2 ANKRD13 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908914.1
TCCGTCCACCAATTAAAACCCTACTTGCATTTAAATATTTGTCCACCAATTAAAACCCCATTGTGCTTTTTGTACCCTTTTACCCTCTCTCTTTACTTTAAATTAAATTACTACCCTTTGCCATTAATTATCCCACCTCATTTTTTACCCCATTTAATTAACTAACTAATCATTCCCCTAATTAATCTAACATGATTTTTCGCCACTTTCAAAGCAACCACAGATTTGGGCCAATTTTCCTTGAAATAGTGTCCGGCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985795
ATGTCCAAGTCTTCAACGACGTCGACGGCCGCCGTCATCCGCCCCCATGATTTCGTCGACAGCCCCATCCACTACGCCGTCGCCACAGGCGACCACTTGGCTCTCAACAAACTCCTATCTAGCCTACCCAAAATGCCCGATCCCACCCTAATCCACACCGAATCCGAATCCCTCGCTCACGAACGCATCGCTGAACAAATCTCCGCCGCCCTCGACGGCCGCGACAACAGACTCAGGGAAACCCCACTGCATATCGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764897.1
MSKSSTTSTAAVIRPHDFVDSPIHYAVATGDHLALNKLLSSLPKMPDPTLIHTESESLAHERIAEQISAALDGRDNRLRETPLHIAVRLNDAAVARALAAAGANISLQNAAGWNPLQEALLRRCPEIVAPLVQHHHLAAWSKWRRRLPRLVAALRRMRDFYMEISFHFESSIVPFVGKIAPSDTYKIWKRDGNLRADTSLAGYDGLKIQRANQSFLFLNDFSNSSSIDIPEGSLLILNHDEKKIYDAFENAGNPLSDADV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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