当前解析结果
SmilChr05G001092| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001092 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001092 |
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 9097580 - 9098471 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130985798 |
|---|---|
| GeneID | 130985798 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985798 |
| 原始查询 | SmilChr05G001092 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 产物 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| Arabidopsis | AT4G23160 (CRK8)cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=35.8; qcov=0.775; evalue=2.56e-27; confidence=medium |
| Rice | Os08g0125300- identity=39; qcov=0.965; evalue=2.23e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985798 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057764904.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057764904.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057764904.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057764904.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057764904.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:9097804 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C40 |
Chr5:9097827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,D2 |
Chr5:9097883 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A15,B132,B67,B86,C23 |
Chr5:9097888 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 27 | A7,B105,B109,B117,B118,B119,B120,B122,B13,B17,B25,B32,B62,B66,B70,B73,B77,C23,C3,C39,C40,C53,C55,C71,C78,D1,D5 |
Chr5:9097899 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B58 |
Chr5:9097924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A15,B132,B67,B86,B94 |
Chr5:9097942 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | B132,B44,B5,B54,D2 |
Chr5:9097942 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | B132,B44,B5,B54,D2 |
Chr5:9097968 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B15,C56,C70 |
Chr5:9097976 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,B87 |
Chr5:9097979 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B137,B74 |
Chr5:9098021 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B63,B73,B88,C19 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。