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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001092

染色体: Chr05 坐标: 9097580-9098471 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001092
名称SmilChr05G001092
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9097580 - 9098471 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985798
GeneID130985798
locus_tag-
NCBI NameLOC130985798
原始查询SmilChr05G001092

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=35.8; qcov=0.775; evalue=2.56e-27; confidence=medium
RiceOs08g0125300
-
identity=39; qcov=0.965; evalue=2.23e-39; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985798

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057764904.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057764904.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057764904.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057764904.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764904.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9097804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr5:9097827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,D2
Chr5:9097883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B132,B67,B86,C23
Chr5:9097888 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 27 A7,B105,B109,B117,B118,B119,B120,B122,B13,B17,B25,B32,B62,B66,B70,B73,B77,C23,C3,C39,C40,C53,C55,C71,C78,D1,D5
Chr5:9097899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr5:9097924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B132,B67,B86,B94
Chr5:9097942 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 5 B132,B44,B5,B54,D2
Chr5:9097942 C CG 1bp_insertion CDS_variant 5 B132,B44,B5,B54,D2
Chr5:9097968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B15,C56,C70
Chr5:9097976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B87
Chr5:9097979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B74
Chr5:9098021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B63,B73,B88,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908921.1
ATGAAAAGGATCCCATATGCATCTGCTATAGGATCTATAATGTATGCCATGACATCTACCAGGCCAGATGTGGCTTACGCGCTTAGCATGACAGGCAGATTTCAGCAAAATCCCGGTGAGGAACATTGGAGAACTGTCAAGACTATTCTAAAGTACCTTAGAAGGACTAAAGAATACTTCTTAGTCTATGGTGGACAGCCAGAGTTATCAGTTACTGGGTATACTGATGCTAGCTTCCAAACAGACCATGATGACTATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985798
ATGAAAAGGATCCCATATGCATCTGCTATAGGATCTATAATGTATGCCATGACATCTACCAGGCCAGATGTGGCTTACGCGCTTAGCATGACAGGCAGATTTCAGCAAAATCCCGGTGAGGAACATTGGAGAACTGTCAAGACTATTCTAAAGTACCTTAGAAGGACTAAAGAATACTTCTTAGTCTATGGTGGACAGCCAGAGTTATCAGTTACTGGGTATACTGATGCTAGCTTCCAAACAGACCATGATGACTATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057764904.1
MKRIPYASAIGSIMYAMTSTRPDVAYALSMTGRFQQNPGEEHWRTVKTILKYLRRTKEYFLVYGGQPELSVTGYTDASFQTDHDDYKSQSGYVFILNGGAVSWNSSKQSTTADSTTEAEYIAASEAAKEAVALLEFVKELGVVPSTNSAIPLYCDNTGAVAQAKEPRPTNRNKHIPRRYHLIREIIERGDVKLERVPTDDNLADPFTKPLCIAKHNKHFESLGVRHVGSWL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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