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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001098

染色体: Chr05 坐标: 9145475-9147912 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001098
名称SmilChr05G001098
描述uncharacterized SmilChr05G001098
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9145475 - 9147912 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985805
GeneID130985805
locus_tag-
NCBI NameLOC130985805
原始查询SmilChr05G001098

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837726]; symbol=AT1G11800; hit=AT1G11800; species=arabidopsis; confidence=high
产物endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837726]; symbol=AT1G11800; hit=AT1G11800; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G11800 (AT1G11800)
endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837726]
identity=49.4; qcov=0.934; evalue=1.18e-144; confidence=high
RiceOs12g0414900
-
identity=46.2; qcov=0.924; evalue=1.71e-134; confidence=high
GOGO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006302 (double-strand break repair); GO:0016605 (PML body); GO:0070260 (5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity)
KEGG-
PfamPF03372 (Exo_endo_phos)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057764916.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057764919.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057764916.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057764916.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057764916.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9145926 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,C14,C45,C47,C68
Chr5:9146583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr5:9147150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B75,C85,D3
Chr5:9147252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C26
Chr5:9147391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr5:9147676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764916.1
504 aa
N
1
252
504
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 239-494 aa
XP_057764917.1
503 aa
N
1
252
503
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 238-493 aa
XP_057764918.1
502 aa
N
1
251
502
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 237-492 aa
XP_057764919.1
501 aa
N
1
250
501
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 236-491 aa
XP_057764921.1
499 aa
N
1
250
499
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 234-489 aa
XP_057764922.1
498 aa
N
1
249
498
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 233-488 aa
XP_057764923.1
497 aa
N
1
248
497
Exo_endo_phos
C
PF03372 Exo_endo_phos 232-487 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057764916.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 239 494 1.5e-19 71.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057764917.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 238 493 1.4e-19 71.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057764918.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 237 492 1.4e-19 71.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057764919.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 236 491 1.4e-19 71.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057764921.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 234 489 1.4e-19 71.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057764922.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 233 488 1.4e-19 71.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
XP_057764923.1 Pfam PF03372 Exo_endo_phos Domain 232 487 1.4e-19 71.4 Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057908933.1
AGAGAAATTAAGGGAAATTAACAAGAAAACAGTGGCGCTTCCAATTCCAAGAACCCATTAGGGCAAACGCCCAAGATCGGCTTGAAAAGCGGCAAAACAGCCATGAATTCAAATTCAAAATGGTGATATCTTCACTGCCAAAGGCAATCGTACCAATAGCAAAATCCTTTGTCCTCCAATTTCGACAACCTCTCAAAATTTCCCAAGGATTCCCCAAAACCCTTTGTTTATTCACAAAAATGTCTTCTTGGACATGCTCC...
XM_057908934.1
AGAGAAATTAAGGGAAATTAACAAGAAAACAGTGGCGCTTCCAATTCCAAGAACCCATTAGGGCAAACGCCCAAGATCGGCTTGAAAAGCGGCAAAACAGCCATGAATTCAAATTCAAAATGGTGATATCTTCACTGCCAAAGGCAATCGTACCAATAGCAAAATCCTTTGTCCTCCAATTTCGACAACCTCTCAAAATTTCCCAAGGATTCCCCAAAACCCTTTGTTTATTCACAAAAATGTCTTCTTGGACATGCTCC...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130985805
ATGGTGATATCTTCACTGCCAAAGGCAATCGTACCAATAGCAAAATCCTTTGTCCTCCAATTTCGACAACCTCTCAAAATTTCCCAAGGATTCCCCAAAACCCTTTGTTTATTCACAAAAATGTCTTCTTGGACATGCTCCAAGTGCACGTTCATCAATCCCCCCGCCCAGAATTCGCGCTGCGAAATCTGCCTCTCCGCGCCACCTCAGCCGCTCGTATTGGCCCCATCGCCGCCACCTGAATCCATGTGGTCATGCGC...
LOC130985805
ATGGTGATATCTTCACTGCCAAAGGCAATCGTACCAATAGCAAAATCCTTTGTCCTCCAATTTCGACAACCTCTCAAAATTTCCCAAGGATTCCCCAAAACCCTTTGTTTATTCACAAAAATGTCTTCTTGGACATGCTCCAAGTGCACGTTCATCAATCCCCCCGCCCAGAATTCGCGCTGCGAAATCTGCCTCTCCGCGCCACCTCAGCCGCTCGTATTGGCCCCATCGCCGCCACCTGAATCCATGTGGTCATGCGC...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057764916.1
MVISSLPKAIVPIAKSFVLQFRQPLKISQGFPKTLCLFTKMSSWTCSKCTFINPPAQNSRCEICLSAPPQPLVLAPSPPPESMWSCAVCTLLNPYSRAICEICGTRATATRLTTLEIDDDDLDKDFSVGSVFQPLKACSSANKENIDVGGDASCSAKLSVDNGGSRVCDDGGKLGLSAGLRLCSNKRKDREEDDGGRSSGFRAIKDSSKPIVAKPLAAAAAAAAGETHLCSESKTWKLLSYNVWFRQEVEMHKRMRALGD...
XP_057764917.1
MVISSLPKAIVPIAKSFVLQFRQPLKISQGFPKTLCLFTKMSSWTCSKCTFINPPAQNSRCEICLSAPPQPLVLAPSPPPESMWSCAVCTLLNPYSRAICEICGTRATATRLTTLEIDDDDLDKDFSVGSVFQPLKACSSANKENIDVGGDASCSAKLSVDNGGSRVCDDGGKLGLSAGLRLCSNKRKDREEDDGGRSSGFRAIKDSSKPIVAKPLAAAAAAAGETHLCSESKTWKLLSYNVWFRQEVEMHKRMRALGDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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