Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001106`

染色体: Chr05 坐标: 9179896-9182932 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001106`
名称	SmilChr05G001106
描述	peroxisomal membrane protein PMP22
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	9179896 - 9182932 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985812`
GeneID	`130985812`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985812`
原始查询	`SmilChr05G001106`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peroxisomal membrane protein PMP22
产物	peroxisomal membrane protein PMP22
Arabidopsis	`AT4G04470` (PMP22) Peroxisomal membrane 22 kDa (Mpv17/PMP22) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825777] identity=68.1; qcov=1; evalue=1.08e-90; confidence=high
Rice	`Os02g0226000` - identity=62.1; qcov=0.984; evalue=5.06e-87; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane)
KEGG	smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04117 (Mpv17_PMP22)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985812

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057764933.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.80000	`XP_057764934.1`
3	Peroxisome membrane	过氧化物酶体膜	0.80000	`XP_057764934.1`
4	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057764934.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057764933.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:9182358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B35
`Chr5:9182598`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C5
`Chr5:9182598`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C5
`Chr5:9182621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:9182631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr5:9182665`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	49	A1,A22,A5,B1,B12,B127,B130,B132,B140,B15,B22,B34,B41,B42,B43,B44,B51,B52,B54,B59,B62,B66,B68,B71,B75,B83,B84,B86,B9,B91,B97,B98,C10,C17,C2,C25,C32,C45,C6,C60,C64,C68,C8,C82,C83,C86,D11,D5,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764933.1

220 aa

110

220

Mpv17_PMP22

PF04117 Mpv17_PMP22 114-170 aa

XP_057764934.1

185 aa

185

Mpv17_PMP22

PF04117 Mpv17_PMP22 114-174 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764933.1`	Pfam	`PF04117`	Mpv17_PMP22	Family	114	170	8.7e-17	61.6	Mpv17 / PMP22 family
`XP_057764934.1`	Pfam	`PF04117`	Mpv17_PMP22	Family	114	174	3.9e-19	69.2	Mpv17 / PMP22 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057908951.1
CAGATTCTAAATCGTTGACCTTTGATGGCAAAGATCCTCGTAGCACCCGCCCTTCCGCAGCCAGCAGGCCCCATCTTAATAACCTCTATTTACATCGAATGATTGTGAACACATTCAATTCAAGATTGAACACAATTGAATTCAAGAATAAACAGCATTCCACTTGATACCTTCATATTTCAGAAAACGTCACTCTCTCCGAGTGTGGTGGAATTGTGGAGCGAGAAAGAAAGATGGGATCAGTTGCGAAGAAGGGATTG...

XM_057908950.1
TTCTAAATCGTTGACCTTTGATGGCAAAGATCCTCGTAGCACCCGCCCTTCCGCAGCCAGCAGGCCCCATCTTAATAACCTCTATTTACATCGAATGATTGTGAACACATTCAATTCAAGATTGAACACAATTGAATTCAAGAATAAACAGCATTCCACTTGATACCTTCATATTTCAGAAAACGTCACTCTCTCCGAGTGTGGTGGAATTGTGGAGCGAGAAAGAAAGATGGGATCAGTTGCGAAGAAGGGATTGCAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985812
ATGGGATCAGTTGCGAAGAAGGGATTGCAGCAGTATTTGGGGCAGCTCCAGCGACACCCTCTCAGAACCAAGATGATAACGGCGGGAGTGCTGTCGGCGGTCAGTGATATTGTAGCGCAGAAGCTTACTGGCATTCAGAAACTTCAGCTGAAGCGACTTCTTCTTAAAGTGATATTCGGGTCAGCTTATTTGGGTCCATTAGGGCATTACTTCCACATATTGCTGGATAAAATTTTCAAAGGGAACAAGGACTCCAAAAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057764933.1
MGSVAKKGLQQYLGQLQRHPLRTKMITAGVLSAVSDIVAQKLTGIQKLQLKRLLLKVIFGSAYLGPLGHYFHILLDKIFKGNKDSKTVAKKVVLEQLTISPWNNLMFMIYYGLVIEGRAWIHTKSKIKKEYPTVQYTSWTFWPVVGWVNHQYVPLQFRVILQSVVACFWYNALLILVKIFAPEIPEHQRDSIFDFFFSLILIYRGIFLNLRAKSLALAKP

XP_057764934.1
MGSVAKKGLQQYLGQLQRHPLRTKMITAGVLSAVSDIVAQKLTGIQKLQLKRLLLKVIFGSAYLGPLGHYFHILLDKIFKGNKDSKTVAKKVVLEQLTISPWNNLMFMIYYGLVIEGRAWIHTKSKIKKEYPTVQYTSWTFWPVVGWVNHQYVPLQFRVILQSVVACFWGIFLNLRAKSLALAKP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器