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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001128

染色体: Chr05 坐标: 9417052-9417504 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001128
名称SmilChr05G001128
描述probable transcription repressor OFP9
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9417052 - 9417504 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025493
GeneID131025493
locus_tag-
NCBI NameLOC131025493
原始查询SmilChr05G001128

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable transcription repressor OFP9
产物probable transcription repressor OFP9
ArabidopsisAT4G04025 (AT4G04025)
transcription repressor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719533]
identity=42.5; qcov=0.973; evalue=1.58e-30; confidence=medium
RiceOs04g0447900 (OsOFP24)
-
identity=48.7; qcov=0.507; evalue=6.85e-21; confidence=medium
GOGO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04844 (Ovate)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025493

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811271.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057811271.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057811271.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057811271.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811271.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9417084 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 8 B137,B18,B30,B68,B83,C54,C85,D2
Chr5:9417155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:9417208 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B6,B8,B88,C22
Chr5:9417295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C61
Chr5:9417313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:9417429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811271.1
150 aa
N
1
75
150
Ovate
C
PF04844 Ovate 90-147 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811271.1 Pfam PF04844 Ovate Family 90 147 4.7e-20 72.1 Transcriptional repressor, ovate

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955288.1
ATGCAAAGAAGCCGAGACAAGAAGCAGAAGAAGTTCCAAAGCAGTTGCTCACAGGCATTCTGCGGCACTTGCAGGCTCAGCGTGTCTTCTTCTTCCCCCGAAGAAGCCGAAGCCGAAGCCGCAACGGATGAAGCTCAGACAGTTTCCAGCATAGCACACGCCATGGTACAAGTGAGGCTTGATCAGATGATCAGAGAGAGACGTAGACGGGCAGCAACACACGAGCAAGAGACGAAGCTCGTTGTGATAGTGGCGATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025493
ATGCAAAGAAGCCGAGACAAGAAGCAGAAGAAGTTCCAAAGCAGTTGCTCACAGGCATTCTGCGGCACTTGCAGGCTCAGCGTGTCTTCTTCTTCCCCCGAAGAAGCCGAAGCCGAAGCCGCAACGGATGAAGCTCAGACAGTTTCCAGCATAGCACACGCCATGGTACAAGTGAGGCTTGATCAGATGATCAGAGAGAGACGTAGACGGGCAGCAACACACGAGCAAGAGACGAAGCTCGTTGTGATAGTGGCGATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811271.1
MQRSRDKKQKKFQSSCSQAFCGTCRLSVSSSSPEEAEAEAATDEAQTVSSIAHAMVQVRLDQMIRERRRRAATHEQETKLVVIVAMEKSSYDPREDFRDSMEQIIVANRIHETKDLRRLLNYYVSMNSEEFRGTILEVFHQVCTDLFVHF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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