当前解析结果
SmilChr05G001128| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001128 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001128 |
| 描述 | probable transcription repressor OFP9 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 9417052 - 9417504 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025493 |
|---|---|
| GeneID | 131025493 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025493 |
| 原始查询 | SmilChr05G001128 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable transcription repressor OFP9 |
| 产物 | probable transcription repressor OFP9 |
| Arabidopsis | AT4G04025 (AT4G04025)transcription repressor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719533] identity=42.5; qcov=0.973; evalue=1.58e-30; confidence=medium |
| Rice | Os04g0447900 (OsOFP24)- identity=48.7; qcov=0.507; evalue=6.85e-21; confidence=medium |
| GO | GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04844 (Ovate) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025493 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811271.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057811271.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057811271.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057811271.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811271.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:9417084 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | B137,B18,B30,B68,B83,C54,C85,D2 |
Chr5:9417155 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:9417208 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B6,B8,B88,C22 |
Chr5:9417295 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C61 |
Chr5:9417313 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:9417429 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811271.1PF04844
Ovate 90-147 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811271.1 |
Pfam | PF04844 |
Ovate | Family | 90 | 147 | 4.7e-20 | 72.1 | Transcriptional repressor, ovate |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。