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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001142

染色体: Chr05 坐标: 9547274-9813532 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001142
名称SmilChr05G001142
描述probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9547274 - 9813532 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985853
GeneID130985853
locus_tag-
NCBI NameLOC130985853
原始查询SmilChr05G001142

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
产物probable long-chain-alcohol O-fatty-acyltransferase 5
ArabidopsisAT5G55350 (AT5G55350)
MBOAT (membrane bound O-acyl transferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835628]
identity=42.7; qcov=0.923; evalue=9.88e-87; confidence=medium
RiceOs02g0454500
-
identity=35.8; qcov=0.939; evalue=1.15e-56; confidence=medium
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008374 (GO:0008374)
KEGG-
PfamPF13813 (MBOAT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985853

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765000.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057765000.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765000.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765000.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765000.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9812449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:9812552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,D6
Chr5:9812864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr5:9812956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr5:9812993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:9813150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr5:9813263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C17
Chr5:9813444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C42
Chr5:9813457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765000.1
363 aa
N
1
182
363
MBOAT_2
C
PF13813 MBOAT_2 194-280 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765000.1 Pfam PF13813 MBOAT_2 Family 194 280 3e-18 66.5 Membrane bound O-acyl transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909017.1
TTTTTAAATAATACTAATGATTTCTTACTTTATAATATGAGTTAAGCACACATAATGAAAGGAAACAAATTAAATGGAATAACCACCACACAAAGTAGAGAGAGAATGGAAGGAGAAATCAAGAACTTCATTCTTGTATGGACTACAGTAGTGGGATGTCTATGGTACTGCCATAGCGTAGGAAAAGTGGTGCCCAGCAGTCTCCGGCGCCTCTCCATCCTCCCTATCTCATGCCTATTCTTGATCCTCCCCCTCAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985853
ATGAAAGGAAACAAATTAAATGGAATAACCACCACACAAAGTAGAGAGAGAATGGAAGGAGAAATCAAGAACTTCATTCTTGTATGGACTACAGTAGTGGGATGTCTATGGTACTGCCATAGCGTAGGAAAAGTGGTGCCCAGCAGTCTCCGGCGCCTCTCCATCCTCCCTATCTCATGCCTATTCTTGATCCTCCCCCTCAAACTCACCTCCATCCACCTCGGCGGCGTCACCTCCTTCTTCATCGCCTGGCTCGCCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765000.1
MKGNKLNGITTTQSRERMEGEIKNFILVWTTVVGCLWYCHSVGKVVPSSLRRLSILPISCLFLILPLKLTSIHLGGVTSFFIAWLASFKLILFASAAGPLHSHPPLPLSRFIPLACFPIKIQTTPHDQQSHKPRINLATKITTLALLIRVYGNKDHLHPKFIWFCYCIHIYFMLEMLLALVGAVAKAFSRVELEPQFNEPYLATSLQDFWGRRWNLMVPKILHPTVFQPVRRASAPLTGRRWAAIPAVFSTFLVSGLMHE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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