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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001151

染色体: Chr05 坐标: 9673550-9676167 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001151
名称SmilChr05G001151
描述mitochondrial pyruvate carrier 4-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9673550 - 9676167 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985864
GeneID130985864
locus_tag-
NCBI NameLOC130985864
原始查询SmilChr05G001151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial pyruvate carrier 4-like
产物mitochondrial pyruvate carrier 4-like
ArabidopsisAT4G22310 (AT4G22310)
Uncharacterized protein family (UPF0041) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828326]
identity=81; qcov=0.981; evalue=1.48e-62; confidence=high
RiceOs07g0449100 (OJ1047_A06.120)
-
identity=81.9; qcov=0.981; evalue=2.04e-64; confidence=high
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0006850 (pyruvate import into mitochondria)
KEGG-
PfamPF03650 (MPC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985864

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057765012.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057765012.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057765012.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765012.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765012.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9675783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr5:9675805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765012.1
107 aa
N
1
54
107
MPC
C
PF03650 MPC 3-103 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765012.1 Pfam PF03650 MPC Repeat 3 103 1.7e-37 129.0 Mitochondrial pyruvate carriers

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909029.1
GGGAATAATATCAAGGTGGTGGGCCAAGAAACCCACCCTATGCTGTAGAAATATTAAAGGGACGAAAGCCCGTGGCCGTATTTGCTCAACCAAAGCAGCCCATTCCATTTCTTCAGCTAATCGGCAGCAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTCCAATGGCGTCGAAACTGCAAGCTCTATGGAATCATCCAGCTGGTCCTAAAACCATTCATTTCTGGGCACCGACCTTCAAATGGGGCATTAGCATAGCCAATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985864
ATGGCGTCGAAACTGCAAGCTCTATGGAATCATCCAGCTGGTCCTAAAACCATTCATTTCTGGGCACCGACCTTCAAATGGGGCATTAGCATAGCCAATCTTGCCGACTCTAGTAAACCCCCAGAGAAAGTTTCATATCCCCAGCAGATCGCCGTCACAGCGACTGGAGTTATTTGGTCACGTTACAGCACTGTTATCACTCCTAAGAACTGGAATCTTTTCAGTGTGAACATTGTAATGGCTGGTACAGGTATTTACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765012.1
MASKLQALWNHPAGPKTIHFWAPTFKWGISIANLADSSKPPEKVSYPQQIAVTATGVIWSRYSTVITPKNWNLFSVNIVMAGTGIYQLTRKIRHDYFSDDQAVVAKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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