Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001153`

染色体: Chr05 坐标: 9679754-9681167 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001153`
名称	SmilChr05G001153
描述	F-box protein At3g07870-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	9679754 - 9681167 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985852`
GeneID	`130985852`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985852`
原始查询	`SmilChr05G001153`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein At3g07870-like
产物	F-box protein At3g07870-like
Arabidopsis	`AT3G07870` (AT3G07870) F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819978] identity=25.6; qcov=1.01; evalue=2.48e-20; confidence=low
Rice	`Os09g0372900` (OsFbox482) - identity=29.6; qcov=0.691; evalue=1.39e-18; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3); PF24750 (b-prop_At3g26010-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985852

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764999.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057764999.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057764999.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057764999.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764999.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:9680411`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A22,B131,B62
`Chr5:9680411`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A22,B131,B62
`Chr5:9680425`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B131,B6,B62
`Chr5:9680425`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B131,B6,B62
`Chr5:9680430`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B131,B6,B62
`Chr5:9680430`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B131,B6,B62
`Chr5:9680523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B35
`Chr5:9680565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr5:9680634`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764999.1

372 aa

186

372

F-box

FBA_3

b-prop_At3g26010-like

FBA_1

PF00646 F-box 7-45 aa PF08268 FBA_3 97-331 aa PF24750 b-prop_At3g26010-like 99-227 aa PF07734 FBA_1 102-285 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764999.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	7	45	6.5e-06	26.6	F-box domain
`XP_057764999.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	97	331	4.4e-25	89.1	F-box associated beta propeller domain
`XP_057764999.1`	Pfam	`PF24750`	b-prop_At3g26010-like	Repeat	99	227	1.9e-07	31.3	F-box protein At3g26010-like, beta-propeller
`XP_057764999.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	102	285	7.5e-21	75.2	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909016.1
AAGTTTTGTCTTATTTGTGTGACCTTGAATATGAAAGTCACCGTTCTGGCTAGTCGAGCGTCACTCTCTGTACAAGTAGATTTGTTCAAAGCATACATCACAATTCTTAGATTAGATTTTTAAGTTTATGTAAGAAATAATCCTTTGAATCCATCAAAAGATGAAGCACGATTTCTTCACACATCTACCATCAGAAATCGTCACCAATATCCTCTTAAGGCTCTCTGTTCGAAGCATTGCAATTAGCAAGTGCGTTTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985852
ATGAAGCACGATTTCTTCACACATCTACCATCAGAAATCGTCACCAATATCCTCTTAAGGCTCTCTGTTCGAAGCATTGCAATTAGCAAGTGCGTTTGCAAGCCGTGGCTCGATTTGCTCGATGCCGATGATTTCGTCAATTTCCATCTTTCTAGATCAGTGCCCGCCCTAGCTGTCTTGATTCCCAAGGGGGGTTCAAATCGGTGCCAATTGTTCGAATTGGGAGACGAACTCGATCTCGATCGGCTCCACGATCCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764999.1
MKHDFFTHLPSEIVTNILLRLSVRSIAISKCVCKPWLDLLDADDFVNFHLSRSVPALAVLIPKGGSNRCQLFELGDELDLDRLHDPLTKFDFPHGATIEGSANGLLILQNDELNDALYVCNPITREFCEVPSPPEGFGFGYGYGHVYGFGASTITGQHKVVCFNHKSHVDPGSGCHVYTLGTGSWRRVEGSPIVYAYGDFGAFVNGNLHWIVASESRDKGCISCFDVETECFSAFSPPIERCSLSLSLFTLRDCLCFCDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器