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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001160`

染色体: Chr05 坐标: 9739071-9742651 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001160`
名称	SmilChr05G001160
描述	transcription initiation factor IIF subunit alpha-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	9739071 - 9742651 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985850`
GeneID	`130985850`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985850`
原始查询	`SmilChr05G001160`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription initiation factor IIF subunit alpha-like
产物	transcription initiation factor IIF subunit alpha-like
Arabidopsis	`AT4G12610` (RAP74) transcription initiation factor IIF subunit alpha RAP74 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826874] identity=63.7; qcov=1.02; evalue=4.64e-124; confidence=high
Rice	`Os10g0188100` - identity=60.8; qcov=1; evalue=5.71e-128; confidence=high
GO	GO:0001096 (TFIIF-class transcription factor complex binding); GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005674 (transcription factor TFIIF complex); GO:0006367 (transcription initiation at RNA polymerase II promoter); GO:0016251 (RNA polymerase II general transcription initiation factor activity); GO:0032968 (positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II)
KEGG	smil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05793 (TFIIF_alpha)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985850

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057764996.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057764996.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057764996.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057764996.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057764996.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:9740476`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B140
`Chr5:9740560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057764996.1

398 aa

199

398

TFIIF_alpha

PF05793 TFIIF_alpha 3-394 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057764996.1`	Pfam	`PF05793`	TFIIF_alpha	Family	3	394	6.3e-112	375.6	Transcription initiation factor IIF, alpha subunit (TFIIF-alpha)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909013.1
TTTAATTTGGCCTTGTAGGAGAAGTTTAAGAATAAACCTTGGCTGCTGGAAGACGAAACCGGTCAGTTTCAGTTCCATGGTCACCTTGAGGGCACACAGACAGCCACATATTATCTTCTAATGCTTCAAGGGAAGGAATTTGTTGCTATACCTGCTGGTTCCTGGTACAATTTTAACAAAGTGGCACAATATAAGCAACTCACTTTGGAGGAAGCCGAGGAAAAGATGAATAATAGAAGGAAAACAGCTGATGGCTACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985850
ATGCTTCAAGGGAAGGAATTTGTTGCTATACCTGCTGGTTCCTGGTACAATTTTAACAAAGTGGCACAATATAAGCAACTCACTTTGGAGGAAGCCGAGGAAAAGATGAATAATAGAAGGAAAACAGCTGATGGCTACCAGAGATGGATGATGAAGGCAACACACAGTGGAGCTGCAGCCTTTGGTGAAGTTGAGAAGTTTGACGGTCGGGAAGGTGCAGCTGCTGGTGGGAGGGGGCGCAAAAAAACTACAGGGGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057764996.1
MLQGKEFVAIPAGSWYNFNKVAQYKQLTLEEAEEKMNNRRKTADGYQRWMMKATHSGAAAFGEVEKFDGREGAAAGGRGRKKTTGDDDEANTSDRGDEDEDEESARKNRLGLNKKSGDDDEEGPRGGDLDFDDDDIEKGDDWEHEEIFTDDDEAVGIDPEEREDLAPEIPAPPEIKQDDEDEDEADEEDKEGGLSKSGKELKKLLGRSNGLNDSDSEDDDDDDDAEDDISPVLAPKKEAPKEEPVHNNSPLKATNSTAGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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