Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001173`

染色体: Chr05 坐标: 9828241-9830736 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001173`
名称	SmilChr05G001173
描述	uncharacterized SmilChr05G001173
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	9828241 - 9830736 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025500`
GeneID	`131025500`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025500`
原始查询	`SmilChr05G001173`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os07g0516500; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os07g0516500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os07g0516500` - identity=32.9; qcov=0.145; evalue=2.47e-10; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24); PF13963 (Transpos_assoc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811278.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811278.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811278.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811278.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811278.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:9828315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,A8,B126,C40
`Chr5:9828327`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A7,C59,D5
`Chr5:9828334`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C60
`Chr5:9828334`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr5:9828338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr5:9828340`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr5:9828353`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,D2
`Chr5:9828386`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C70,D6
`Chr5:9828490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B130,C4,D2
`Chr5:9828835`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B25,B90
`Chr5:9828869`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B2,B23,C30,C73,D6
`Chr5:9828869`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B2,B23,C30,C73,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811278.1

544 aa

272

544

Transpos_assoc

Transposase_24

PF13963 Transpos_assoc 5-81 aa PF03004 Transposase_24 348-474 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811278.1`	Pfam	`PF13963`	Transpos_assoc	Domain	5	81	9.1e-20	71.3	Transposase-associated domain
`XP_057811278.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	348	474	1.9e-10	41.8	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955295.1
ATGAGTGATAATCGATCGTGGATGTATGCGAGATACAATGATCGTGCTGCATTTGAAACGGGACTTGAGAGTTTCCTCGAGTTTGCGATAAATCAAACAGCGTATACAGATGGAATTGGTAACATTAGGTGCCCGTGTAGGAAGTGTAAGAATAAAGTCTTTGCATCTGTACCTACAGTCAGAGAACATGTTACTAGGCGTGGATTTGTCCACAATTACACGAACTGGTGTTATCAAGGGGAAGCACCAGTGTATATGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025500
ATGAGTGATAATCGATCGTGGATGTATGCGAGATACAATGATCGTGCTGCATTTGAAACGGGACTTGAGAGTTTCCTCGAGTTTGCGATAAATCAAACAGCGTATACAGATGGAATTGGTAACATTAGGTGCCCGTGTAGGAAGTGTAAGAATAAAGTCTTTGCATCTGTACCTACAGTCAGAGAACATGTTACTAGGCGTGGATTTGTCCACAATTACACGAACTGGTGTTATCAAGGGGAAGCACCAGTGTATATGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811278.1
MSDNRSWMYARYNDRAAFETGLESFLEFAINQTAYTDGIGNIRCPCRKCKNKVFASVPTVREHVTRRGFVHNYTNWCYQGEAPVYMPAEHTIMDEDDGLTCLLGDQPFQEEVVTITSTHTTVDIDPPILVHPLGGIVDIEDDDDPEDDDQPLTSDDDASCVYTYLNQFEIGTMSHRRGLLGFGSRSSGPEQERQSSSGSGPYISATPESGSPPQSAAASGSRRPKGKSVAQIRAECVRRDGRILFQRNTVGKLIEPPGIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器