Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001179`

染色体: Chr05 坐标: 9882607-9887346 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001179`
名称	SmilChr05G001179
描述	uncharacterized SmilChr05G001179
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	9882607 - 9887346 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985875`
GeneID	`130985875`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985875`
原始查询	`SmilChr05G001179`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SWIB complex BAF60b domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828331]; symbol=AT4G22360; hit=AT4G22360; species=arabidopsis; confidence=high
产物	SWIB complex BAF60b domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828331]; symbol=AT4G22360; hit=AT4G22360; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G22360` (AT4G22360) SWIB complex BAF60b domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828331] identity=48.6; qcov=1.29; evalue=4.95e-108; confidence=high
Rice	`Os08g0502800` - identity=54.1; qcov=0.768; evalue=9.59e-75; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus)
KEGG	-
Pfam	PF02201 (SWIB); PF08766 (DEK_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057765022.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057765022.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057765022.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057765022.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057765022.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:9882931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr5:9882947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:9884330`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,B54
`Chr5:9884568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B72,B99,C87
`Chr5:9884602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765022.1

328 aa

164

328

DEK_C

SWIB

PF08766 DEK_C 2-53 aa PF02201 SWIB 147-218 aa PF02201 SWIB 250-322 aa

XP_057765023.1

298 aa

149

298

DEK_C

SWIB

PF08766 DEK_C 2-53 aa PF02201 SWIB 147-218 aa PF02201 SWIB 223-292 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765022.1`	Pfam	`PF08766`	DEK_C	Domain	2	53	6.3e-12	46.0	DEK C terminal domain
`XP_057765022.1`	Pfam	`PF02201`	SWIB	Domain	147	218	1.2e-50	169.9	SWIB/MDM2 domain
`XP_057765022.1`	Pfam	`PF02201`	SWIB	Domain	250	322	1.2e-50	169.9	SWIB/MDM2 domain
`XP_057765023.1`	Pfam	`PF08766`	DEK_C	Domain	2	53	5.3e-12	46.2	DEK C terminal domain
`XP_057765023.1`	Pfam	`PF02201`	SWIB	Domain	147	218	1.3e-49	166.6	SWIB/MDM2 domain
`XP_057765023.1`	Pfam	`PF02201`	SWIB	Domain	223	292	1.3e-49	166.6	SWIB/MDM2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909039.1
ATGGTGTCAGACCAGGAGATAGCGCAAGCCGTCGAGGCAGTTCTCCGTCAGTCAGACCCCAACGCCGTAACTTCTCTCAACGGCGTCGTGCAGCGCCTGGAGGCCAAGCTAGGGTTGAGCCTCGCCCACAAAGCCGAGTTTATAAGAGATCAGATCACTTTCCTCCTCCGCTCCCACCCCGTTCCCAAAGACCAGCTTCCCCCTCAACCTCACCCCCATTACCTCATTCCTCAGCCATTTCACCAACCTCATTTCGCCCT...

XM_057909040.1
ATGGTGTCAGACCAGGAGATAGCGCAAGCCGTCGAGGCAGTTCTCCGTCAGTCAGACCCCAACGCCGTAACTTCTCTCAACGGCGTCGTGCAGCGCCTGGAGGCCAAGCTAGGGTTGAGCCTCGCCCACAAAGCCGAGTTTATAAGAGATCAGATCACTTTCCTCCTCCGCTCCCACCCCGTTCCCAAAGACCAGCTTCCCCCTCAACCTCACCCCCATTACCTCATTCCTCAGCCATTTCACCAACCTCATTTCGCCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130985875
ATGGTGTCAGACCAGGAGATAGCGCAAGCCGTCGAGGCAGTTCTCCGTCAGTCAGACCCCAACGCCGTAACTTCTCTCAACGGCGTCGTGCAGCGCCTGGAGGCCAAGCTAGGGTTGAGCCTCGCCCACAAAGCCGAGTTTATAAGAGATCAGATCACTTTCCTCCTCCGCTCCCACCCCGTTCCCAAAGACCAGCTTCCCCCTCAACCTCACCCCCATTACCTCATTCCTCAGCCATTTCACCAACCTCATTTCGCCCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057765022.1
MVSDQEIAQAVEAVLRQSDPNAVTSLNGVVQRLEAKLGLSLAHKAEFIRDQITFLLRSHPVPKDQLPPQPHPHYLIPQPFHQPHFALQQQTDPAFTQPPLPPPPQVLHPQPPRPKEENAAANASETPKGRAPAGTKRRGGPGGLNKLCGVSPKLQAIVGQPELPRTEIVKQLWVYIRKHNLQDPENKRKIICDDALRLVFETDCTDMFKMNKLLAKHILRLDPTKEPVQAKKSKVEDDSTKQSSDPSLLPVIISDELAKF...

XP_057765023.1
MVSDQEIAQAVEAVLRQSDPNAVTSLNGVVQRLEAKLGLSLAHKAEFIRDQITFLLRSHPVPKDQLPPQPHPHYLIPQPFHQPHFALQQQTDPAFTQPPLPPPPQVLHPQPPRPKEENAAANASETPKGRAPAGTKRRGGPGGLNKLCGVSPKLQAIVGQPELPRTEIVKQLWVYIRKHNLQDPENKRKIICDDALRLVFETDCTDMFKMNKLLAKHILRLDPTNELAKFFGTGEKEMLQSEALGRVWEYIKANQLEDPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器