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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001181

染色体: Chr05 坐标: 9891341-9897344 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001181
名称SmilChr05G001181
描述uncharacterized SmilChr05G001181
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向9891341 - 9897344 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985878
GeneID130985878
locus_tag-
NCBI NameLOC130985878
原始查询SmilChr05G001181

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ER membrane protein complex subunit-like protein (Protein of unknown function DUF106, transmembrane) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826872]; symbol=AT4G12590; hit=AT4G12590; species=arabidopsis; confidence=high
产物ER membrane protein complex subunit-like protein (Protein of unknown function DUF106, transmembrane) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826872]; symbol=AT4G12590; hit=AT4G12590; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G12590 (AT4G12590)
ER membrane protein complex subunit-like protein (Protein of unknown function DUF106, transmembrane) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826872]
identity=88.2; qcov=0.996; evalue=1e-165; confidence=high
RiceOs09g0497400
-
identity=78.1; qcov=1.02; evalue=8.28e-139; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0034975 (protein folding in endoplasmic reticulum); GO:0072546 (EMC complex)
KEGG-
PfamPF01956 (EMC3_TMCO1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985878

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057765026.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057765026.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765026.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765026.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765026.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:9893767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C51,C74
Chr5:9894012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,A2
Chr5:9894060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr5:9894897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B53,B64,C6
Chr5:9894911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B64,C14,C32
Chr5:9894962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B53,B64,C6
Chr5:9894980 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B100,B56,B96,C27,C83
Chr5:9894980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B56,B96,C27,C83
Chr5:9895106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:9895117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C43
Chr5:9895371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr5:9895382 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765026.1
247 aa
N
1
124
247
EMC3_TMCO1
C
PF01956 EMC3_TMCO1 4-192 aa
XP_057765027.1
247 aa
N
1
124
247
EMC3_TMCO1
C
PF01956 EMC3_TMCO1 4-192 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765026.1 Pfam PF01956 EMC3_TMCO1 Family 4 192 1e-51 175.8 Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like
XP_057765027.1 Pfam PF01956 EMC3_TMCO1 Family 4 192 1e-51 175.8 Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909043.1
ACTAGTAATAAAAAGAGTAGCCCTTCACAACTTCTACAGCAAACTCATTGTCCTCTCCTTCCCCAACCACAATCCGTCTCCCGTAGCCCCTCCATCGTCCCTCTCTCTCTCGCCTCGACTCCAGATCGTTGGCCGCCGTTTCTCTCTCTGCCTCTTGTAGCACTTTTAGACGTAGCTCGTAGTCAGCACGTCGTTGTCGCCTTCCCTTTCGCCGTTCGCCGCCTCAGTGCCTCCCCTTCGCTGTTAGCTTCCTCATTCTC...
XM_057909044.1
ACTCATTGTCCTCTCCTTCCCCAACCACAATCCGTCTCCCGTAGCCCCTCCATCGTCCCTCTCTCTCTCGCCTCGACTCCAGATCGTTGGCCGCCGTTTCTCTCTCTGCCTCTTGTAGCACTTTTAGACGTAGCTCGTAGTCAGCACGTCGTTGTCGCCTTCCCTTTCGCCGTTCGCCGCCTCAGTGCCTCCCCTTCGCTGTTAGCTTCCTCATTCTCTACTTTGAAAGAAAACTCAAAATCTAGAGTCGAGTTTGCAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985878
ATGGCAGAAGATTTGGTGTTGGATACGGCGATCAGAGACTGGGTGTTGATACCGTTATCGGTGGTGATGGTGCTCATCGGAGTCCTCCGTTACTTCGTATCTAAGCTCATGCGCTCCGATCAAGTTCCTGATCTTAAAATCATCAAAGAAGGGCAAGTGATAATTAGGGCAAGGAATCTTAGGGCGGCCGCTAATTTCATCCCTGCTAAGTCGTTCCGTGCTCGTAGGCACTACTACAGCAATGAGGAGAATGGGTTATT...
LOC130985878
ATGGCAGAAGATTTGGTGTTGGATACGGCGATCAGAGACTGGGTGTTGATACCGTTATCGGTGGTGATGGTGCTCATCGGAGTCCTCCGTTACTTCGTATCTAAGCTCATGCGCTCCGATCAAGTTCCTGATCTTAAAATCATCAAAGAAGGGCAAGTGATAATTAGGGCAAGGAATCTTAGGGCGGCCGCTAATTTCATCCCTGCTAAGTCGTTCCGTGCTCGTAGGCACTACTACAGCAATGAGGAGAATGGGTTATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765026.1
MAEDLVLDTAIRDWVLIPLSVVMVLIGVLRYFVSKLMRSDQVPDLKIIKEGQVIIRARNLRAAANFIPAKSFRARRHYYSNEENGLLHVPKGQAQNPQAQMFSDPNMAMDMMKKNLSMIIPQTLTFAWVNFFFSGFVAAKIPFPLTQRFRAMLQNGIDLSTVDVSYVSSRSWYFLNLFGLRGLFSLILGEDNATDDTQRMMQMGGFGFDPTRSLGAEKDNLDIVQHDWALPKFEQRAESVLKKLVQK
XP_057765027.1
MAEDLVLDTAIRDWVLIPLSVVMVLIGVLRYFVSKLMRSDQVPDLKIIKEGQVIIRARNLRAAANFIPAKSFRARRHYYSNEENGLLHVPKGQAQNPQAQMFSDPNMAMDMMKKNLSMIIPQTLTFAWVNFFFSGFVAAKIPFPLTQRFRAMLQNGIDLSTVDVSYVSSRSWYFLNLFGLRGLFSLILGEDNATDDTQRMMQMGGFGFDPTRSLGAEKDNLDIVQHDWALPKFEQRAESVLKKLVQK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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