Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001196

染色体: Chr05 坐标: 10044965-10048842 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001196
名称SmilChr05G001196
描述inositol transporter 4-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10044965 - 10048842 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985891
GeneID130985891
locus_tag-
NCBI NameLOC130985891
原始查询SmilChr05G001196

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inositol transporter 4-like
产物inositol transporter 4-like
ArabidopsisAT4G16480 (INT4)
inositol transporter 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827346]
identity=71.7; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0511400
-
identity=64.8; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005366 (myo-inositol:proton symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057765039.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765039.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765039.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765039.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765039.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10045213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B140
Chr5:10045288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr5:10045312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr5:10045330 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 4 A10,B110,B16,B76
Chr5:10045330 T TA 1bp_insertion CDS_variant 4 A10,B110,B16,B76
Chr5:10045381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr5:10045382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr5:10045383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr5:10045447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,D11,D5
Chr5:10045575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr5:10045582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C25
Chr5:10045817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B131,B140,C2,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765039.1
584 aa
N
1
292
584
Sugar_tr
MFS_1
Sugar_tr
C
PF00083 Sugar_tr 29-367 aa PF07690 MFS_1 38-362 aa PF00083 Sugar_tr 447-553 aa
XP_057765040.1
584 aa
N
1
292
584
Sugar_tr
MFS_1
Sugar_tr
C
PF00083 Sugar_tr 29-367 aa PF07690 MFS_1 38-362 aa PF00083 Sugar_tr 447-553 aa
XP_057765041.1
584 aa
N
1
292
584
Sugar_tr
MFS_1
Sugar_tr
C
PF00083 Sugar_tr 29-367 aa PF07690 MFS_1 38-362 aa PF00083 Sugar_tr 447-553 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765039.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 29 367 1.5e-115 387.4 Sugar (and other) transporter
XP_057765039.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 38 362 5.9e-34 118.2 Major Facilitator Superfamily
XP_057765039.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 447 553 1.5e-115 387.4 Sugar (and other) transporter
XP_057765040.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 29 367 1.5e-115 387.4 Sugar (and other) transporter
XP_057765040.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 38 362 5.9e-34 118.2 Major Facilitator Superfamily
XP_057765040.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 447 553 1.5e-115 387.4 Sugar (and other) transporter
XP_057765041.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 29 367 1.5e-115 387.4 Sugar (and other) transporter
XP_057765041.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 38 362 5.9e-34 118.2 Major Facilitator Superfamily
XP_057765041.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 447 553 1.5e-115 387.4 Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909056.1
CATTTATAAGTATGGAAATGAACCTCTCTTTATTCGGATACCATATTATGACATCCTTAGCCGAACAGTGGCATTAGTCAAGGGATGGATAAGTACCGAATACGAGAGTCGAATTAACACAATAAATAAATAAATAAATAATATTCTCGTATCACGTCATAATCGTTAGGAAATAATCGTCAAATGAGTCCAAGAGCGCTGTTATCCATGTCACTTTCTCTCTTCCATAATTTTAGATTGACTGACTCCACTCCATTTAT...
XM_057909057.1
AACACAATAAATAAATAAATAAATAATATTCTCGTATCACGTCATAATCGTTAGGAAATAATCGTCAAATGAGTCCAAGAGCGCTGTTATCCATGTCACTTTCTCTCTTCCATAATTTTAGATTGACTGACTCCACTCCATTTATTTGCCTCTCTGCGTGCTCTTCTTTCTCCATAGGAAAGCGCTCTCTCTCTCTCTCCAGTCCTGTCCGTAGGTAGCTACTGAGCTCGAAGCAACATGGAGGGCGTCGTTAAACCTGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985891
ATGGAGGGCGTCGTTAAACCTGATAAAACAGCATTCACAGAGTGCTGGCGAACATCGTTGGAGAAGCCTTATATTATGAGGCTAGCCTTCTCAGCTGGTCTTGGAGGCCAATTGTTTGGCTATGATACAGGTGTTATTTCTGGAGCACTACTCTATATTCGTGATGAGTTCAAAACTGTCGACAAGAACACTTGGTTGCAGGAAACAATTGTTAGCATGGCCGTAGCTGGTGCTATCGTTGGTGCTGGATTTGGTGGTGT...
LOC130985891
ATGGAGGGCGTCGTTAAACCTGATAAAACAGCATTCACAGAGTGCTGGCGAACATCGTTGGAGAAGCCTTATATTATGAGGCTAGCCTTCTCAGCTGGTCTTGGAGGCCAATTGTTTGGCTATGATACAGGTGTTATTTCTGGAGCACTACTCTATATTCGTGATGAGTTCAAAACTGTCGACAAGAACACTTGGTTGCAGGAAACAATTGTTAGCATGGCCGTAGCTGGTGCTATCGTTGGTGCTGGATTTGGTGGTGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057765039.1
MEGVVKPDKTAFTECWRTSLEKPYIMRLAFSAGLGGQLFGYDTGVISGALLYIRDEFKTVDKNTWLQETIVSMAVAGAIVGAGFGGVLNDKYGRKKSILLADVLFFVGAIIMAASVAPWMIILGRIFVGLGVGMASMTSPLYISEASPARIRGALVSTNGLLITGGQFLSYLINLAFTNAPGTWRWMLGIAGVPALVQFFLMLSLPESPRWLYRKGNVKEARVILEKIYPANEVEDEMKALETSVEAEKAEEGSIGDTLI...
XP_057765040.1
MEGVVKPDKTAFTECWRTSLEKPYIMRLAFSAGLGGQLFGYDTGVISGALLYIRDEFKTVDKNTWLQETIVSMAVAGAIVGAGFGGVLNDKYGRKKSILLADVLFFVGAIIMAASVAPWMIILGRIFVGLGVGMASMTSPLYISEASPARIRGALVSTNGLLITGGQFLSYLINLAFTNAPGTWRWMLGIAGVPALVQFFLMLSLPESPRWLYRKGNVKEARVILEKIYPANEVEDEMKALETSVEAEKAEEGSIGDTLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器