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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G001202`

染色体: Chr05 坐标: 10095412-10097445 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G001202`
名称	SmilChr05G001202
描述	putative pumilio homolog 8, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	10095412 - 10097445 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130985897`
GeneID	`130985897`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130985897`
原始查询	`SmilChr05G001202`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative pumilio homolog 8, chloroplastic
产物	putative pumilio homolog 8%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G22240` (PUM8) pumilio 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838829] identity=27.9; qcov=0.575; evalue=7.4e-30; confidence=low
Rice	`Os11g0579900` - identity=27.2; qcov=0.625; evalue=1.79e-24; confidence=low
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010608 (post-transcriptional regulation of gene expression)
KEGG	-
Pfam	PF00806 (PUF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130985897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057765049.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057765049.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057765049.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057765049.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057765049.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:10095541`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	C73,D6
`Chr5:10095541`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	CDS_variant	2	C73,D6
`Chr5:10095797`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B58,C82
`Chr5:10095880`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B134,C14,C82
`Chr5:10095955`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:10095993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B87
`Chr5:10096057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr5:10096695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr5:10096712`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B19,B28,B73,B79,C57
`Chr5:10096809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B83,C10,C15,C5,C84
`Chr5:10097109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr5:10097140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765049.1

499 aa

250

499

PUF

PF00806 PUF 308-341 aa PF00806 PUF 347-362 aa PF00806 PUF 378-399 aa PF00806 PUF 419-435 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057765049.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	308	341	9.6e-24	83.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057765049.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	347	362	9.6e-24	83.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057765049.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	378	399	9.6e-24	83.4	Pumilio-family RNA binding repeat
`XP_057765049.1`	Pfam	`PF00806`	PUF	Repeat	419	435	9.6e-24	83.4	Pumilio-family RNA binding repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057909066.1
CACCTTACAAAACCTCTGTATTATTCGTTTAATTCATTACCAGTCAACGTAAACCCTAATTCGAATCGCATTCAAATCACAACTAACGGCTCTATTTAACCAACCAACTTCAAATTCTTTCTCCTCCAAATATTTCTTCATCTTCATCACTAATTCTGTTTCCTCTCCCTGCCTGCATGGATAATCGAGTTTCTCAAACGCCCAATCATGGCGAAGACGGCGCCGGAATCGTTGATGCCAGAAGCGTAATTATACATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130985897
ATGGATAATCGAGTTTCTCAAACGCCCAATCATGGCGAAGACGGCGCCGGAATCGTTGATGCCAGAAGCGTAATTATACATTTTGGGAGTTTAAAGCTGTGGAGCGACGGCAGTTTGGAGGTGGGAGCCCCCGCCGCTTCTGAAAGTAGCAATGCCGCCGCTTCTGCTTTGCTGGAAAATCCTGCTCTTGATCGTGGCAGTTTGTTGGGCCATAATTTCTTCAAGACTCAGGGACAAGAATCTGCACAAAATCAGGGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057765049.1
MDNRVSQTPNHGEDGAGIVDARSVIIHFGSLKLWSDGSLEVGAPAASESSNAAASALLENPALDRGSLLGHNFFKTQGQESAQNQGQQSLMGLQDYRDSYVDMYDYKQASMEPLYGYSSTSKYVENNPVFLQDSTLRSTAITNNVIYTGFDYGSTSSSSPASGESTGPRFDLSLLQEIVNGGGSMEMSMLLLTLQGSYLDMMLDRSLSLVFIKLVKACRGLQLDLVLEDVLSCAQSFILAAFCKQGANSICKLIQRVKKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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