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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001203

染色体: Chr05 坐标: 10104555-10108005 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001203
名称SmilChr05G001203
描述scarecrow-like protein 13
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10104555 - 10108005 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985899
GeneID130985899
locus_tag-
NCBI NameLOC130985899
原始查询SmilChr05G001203

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述scarecrow-like protein 13
产物scarecrow-like protein 13
ArabidopsisAT4G17230 (SCL13)
SCARECROW-like 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827435]
identity=58.6; qcov=0.924; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0583600 (CIGR2)
-
identity=51.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03514 (GRAS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985899

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765052.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057765052.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765052.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765052.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765052.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10105044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr5:10105093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr5:10105155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr5:10105321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3
Chr5:10105322 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B55,C73,D6
Chr5:10105492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr5:10105952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C35,D11
Chr5:10106106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B44,B5,B74,C13
Chr5:10106359 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B87
Chr5:10106359 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765052.1
541 aa
N
1
270
541
GRAS
C
PF03514 GRAS 161-541 aa
XP_057765053.1
541 aa
N
1
270
541
GRAS
C
PF03514 GRAS 161-541 aa
XP_057765054.1
541 aa
N
1
270
541
GRAS
C
PF03514 GRAS 161-541 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765052.1 Pfam PF03514 GRAS Family 161 541 1.3e-126 423.3 GRAS domain family
XP_057765053.1 Pfam PF03514 GRAS Family 161 541 1.3e-126 423.3 GRAS domain family
XP_057765054.1 Pfam PF03514 GRAS Family 161 541 1.3e-126 423.3 GRAS domain family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909069.1
TTCCAACTATATAATCAATCTTACTTTAATCTCCTTTTTATTCTTCATTTCTGCTCAAAGCCAAAAAACAGAAATAGAACTTCCTCCCTCGCCCAGGCCAGGACAATTCCAGCTCAAATTTTTCTACGGCCTACAGTTTCCGAATTCTTGCTATAAATTAAGGTGCAGATGCCCATTAGACGTGAATGACGTAGCCTGTTCGTATCAGTGTATCCTCTGTCCAAGAATACCACACAGGACGTCTCGAGTTGTCAGAACTT...
XM_057909070.1
TCATTTCTGCTCAAAGCCAAAAAACAGAAATAGAACTTCCTCCCTCGCCCAGGCCAGGACAATTCCAGCTCAAATTTTTCTACGGCCTACAGTTTCCGCTCTAATAATCTTACTAAGGCTTTGAGGAATCTTCTCATTAGATACTGAATTTCTATGCTAAAAATTTATAATTGGAATTCTTGCTATAAATTAAGGTGCAGATGCCCATTAGACGTGAATGACGTAGCCTGTTCGTATCAGTGTATCCTCTGTCCAAGAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130985899
ATGCAAACATCCCAAACATCTGCCTCTTTCCAAAGCTTTTACAATCAGCCTATGCAGCAGGTTGACCCATACGGAAGTTCAACTGGTAGCCGAAGCCAGGGAACTGAAGTTTCTTTTCAAACTTGCCCTGATCAGTTCTTCACTCTGGAATCAACTCCAGCGACTGATTATGCTACATACAGTTCACCTTCAGCTGTAAGTGTCTCTTCCAGTAGAAGTCCATTTTCTCCCCAGGGCTCTCAATCGTATGCATCCGATCT...
LOC130985899
ATGCAAACATCCCAAACATCTGCCTCTTTCCAAAGCTTTTACAATCAGCCTATGCAGCAGGTTGACCCATACGGAAGTTCAACTGGTAGCCGAAGCCAGGGAACTGAAGTTTCTTTTCAAACTTGCCCTGATCAGTTCTTCACTCTGGAATCAACTCCAGCGACTGATTATGCTACATACAGTTCACCTTCAGCTGTAAGTGTCTCTTCCAGTAGAAGTCCATTTTCTCCCCAGGGCTCTCAATCGTATGCATCCGATCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057765052.1
MQTSQTSASFQSFYNQPMQQVDPYGSSTGSRSQGTEVSFQTCPDQFFTLESTPATDYATYSSPSAVSVSSSRSPFSPQGSQSYASDLYQPSDNTYGSPLSGSSGVDDENKLLHALWVLRNELLGPESDTDDSGTFNGVVTQPSPFTRYNKILEMAPHMDLNQLLVACAEIVSEADTISMSDRQVAISAAEALMDILEKKVSVSGEPAQRLGAYMLEGLRARLLSSGSIIYKKLKCKEPTSSEMMSYMGVLYQICPYYKFA...
XP_057765053.1
MQTSQTSASFQSFYNQPMQQVDPYGSSTGSRSQGTEVSFQTCPDQFFTLESTPATDYATYSSPSAVSVSSSRSPFSPQGSQSYASDLYQPSDNTYGSPLSGSSGVDDENKLLHALWVLRNELLGPESDTDDSGTFNGVVTQPSPFTRYNKILEMAPHMDLNQLLVACAEIVSEADTISMSDRQVAISAAEALMDILEKKVSVSGEPAQRLGAYMLEGLRARLLSSGSIIYKKLKCKEPTSSEMMSYMGVLYQICPYYKFA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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