当前解析结果
SmilChr05G001206| 统一新 Gene ID | SmilChr05G001206 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G001206 |
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 10147548 - 10149327 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130985902 |
|---|---|
| GeneID | 130985902 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130985902 |
| 原始查询 | SmilChr05G001206 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glucan endo-1,3-beta-glucosidase 4-like |
| 产物 | glucan endo-1%2C3-beta-glucosidase 4-like |
| Arabidopsis | AT5G35740 (AT5G35740)Carbohydrate-binding X8 domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833551] identity=58.2; qcov=0.912; evalue=3.06e-41; confidence=medium |
| Rice | Os07g0510200 (P0409B11.21-2)- identity=49.4; qcov=0.752; evalue=3.46e-24; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07983 (X8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130985902 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057765056.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057765056.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057765057.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057765056.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057765056.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:10148392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B21,B87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057765056.1PF07983
X8 32-101 aa
XP_057765057.1PF07983
X8 26-95 aa
XP_057765058.1PF07983
X8 26-95 aa
XP_057765059.1PF07983
X8 26-95 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057765056.1 |
Pfam | PF07983 |
X8 | Domain | 32 | 101 | 2.9e-20 | 73.4 | X8 domain |
XP_057765057.1 |
Pfam | PF07983 |
X8 | Domain | 26 | 95 | 2.5e-20 | 73.6 | X8 domain |
XP_057765058.1 |
Pfam | PF07983 |
X8 | Domain | 26 | 95 | 2.5e-20 | 73.6 | X8 domain |
XP_057765059.1 |
Pfam | PF07983 |
X8 | Domain | 26 | 95 | 2.5e-20 | 73.6 | X8 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。