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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001211

染色体: Chr05 坐标: 10182345-10185739 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001211
名称SmilChr05G001211
描述uncharacterized SmilChr05G001211
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10182345 - 10185739 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985908
GeneID130985908
locus_tag-
NCBI NameLOC130985908
原始查询SmilChr05G001211

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述structural maintenance of chromosomes protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827436]; symbol=AT4G17240; hit=AT4G17240; species=arabidopsis; confidence=high
产物structural maintenance of chromosomes protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827436]; symbol=AT4G17240; hit=AT4G17240; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G17240 (AT4G17240)
structural maintenance of chromosomes protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827436]
identity=46.9; qcov=0.971; evalue=3.92e-72; confidence=high
RiceOs03g0750900
-
identity=43.7; qcov=0.59; evalue=7.35e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985908

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057765067.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.40000 XP_057765067.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057765067.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765067.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765067.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10182640 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:10182694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A21,B117,B46,D1
Chr5:10182709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:10185071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr5:10185480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B87,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909084.1
TGACAGTGAGAATTATTTGCCTCGCGTCGCCGTCGCATACCAAAAATTTGAATTGAATCATCCTATTCCTCACTCACACTCAGACAACACCCGGATCTTCTTCTTTTTCAAGCACCAACACAACCCTACAAATCCTCACCCATCCTTAAATTCCCTATTTCAAACCTTAATCACTCCCTCGAAATTAAATCTCAAGAATCATTAATGGCTTCTTCAATCAGGCCTGCAACTCGCTACAACAAACCCAACAGCCTAAACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985908
ATGGCTTCTTCAATCAGGCCTGCAACTCGCTACAACAAACCCAACAGCCTAAACAGCTCCACAAAATCCGACCCCTCCTCCTCCGCTGAATACTCCTCCTCGCGTGGTTGCAGTTCACGCGCCCTCGTTCCCAAGAAAACCGATGCCAACCACATTAATTTCAGCTCCATGGTGAAGAAGCTGGTGGAGAATAATAAGAAGGTCAAAAATCTGGATAAGGGCCCCAAGGCATTTGTGATTGCCTCTGATCTCTTGGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765067.1
MASSIRPATRYNKPNSLNSSTKSDPSSSAEYSSSRGCSSRALVPKKTDANHINFSSMVKKLVENNKKVKNLDKGPKAFVIASDLLAEDLKKGAKKSAGLSGLHKKLFKGSEKKGDESSKKALTEVKTNTRTLAMVLRSERELLSLNKEQDHQIAHLKSLLDDKNTEVEKLKDLCLKQREEIKSLKSAVLFPDVMNSQVQNLLEKQGSELKQAKQLIPNLQRQVTSLTGQLQSLAEDLAEVKADKYSGRGFCDNHFNSPRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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