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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001215

染色体: Chr05 坐标: 10207950-10213415 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001215
名称SmilChr05G001215
描述uncharacterized SmilChr05G001215
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10207950 - 10213415 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985913
GeneID130985913
locus_tag-
NCBI NameLOC130985913
原始查询SmilChr05G001215

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述At and bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835654]; symbol=AT5G55600; hit=AT5G55600; species=arabidopsis; confidence=medium
产物At and bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835654]; symbol=AT5G55600; hit=AT5G55600; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G55600 (AT5G55600)
At and bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835654]
identity=37.3; qcov=0.944; evalue=1.75e-91; confidence=medium
RiceOs07g0607300 (P0493C06.37-1)
-
identity=37.6; qcov=0.851; evalue=1.75e-74; confidence=medium
GOGO:0003682 (chromatin binding)
KEGG-
PfamPF01426 (BAH); PF05641 (Agenet)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057765072.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765072.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765072.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057765072.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057765072.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10208216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,B9,C17
Chr5:10208317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr5:10208320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:10208524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:10208667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B44,B5,B74,C13
Chr5:10208677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B55,C73,D6
Chr5:10208685 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr5:10208685 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B52
Chr5:10208697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:10209289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:10209310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,D8
Chr5:10209582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765072.1
590 aa
N
1
295
590
BAH
Agenet
C
PF01426 BAH 185-276 aa PF05641 Agenet 401-472 aa
XP_057765073.1
497 aa
N
1
248
497
BAH
Agenet
C
PF01426 BAH 92-183 aa PF05641 Agenet 308-379 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765072.1 Pfam PF01426 BAH Domain 185 276 2.3e-09 37.9 BAH domain
XP_057765072.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 401 472 1.9e-13 51.3 Agenet domain
XP_057765073.1 Pfam PF01426 BAH Domain 92 183 1.8e-09 38.3 BAH domain
XP_057765073.1 Pfam PF05641 Agenet Domain 308 379 1.1e-13 52.1 Agenet domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909089.1
ATGCTCCTGAACATTCTTCAAACTGAAGAAGACGAAGCCAGCAAGCGACGAAATAACAAAAAATTAAAGCCGCCAACACCACCCGCCACCTTTTCTTTTCTTCTTCTTCTTCGCTCTCCGGTGTCATTTTAACCGCCGAACATCCTAGTTATTTTTGTCTTCTTCTTGTTCCGAGCTTGAGGCCGGATCACTCTTATCTTATGTGTGTTATTCTGCATTCTGAGTCAAGCTTCTCTTTGCTTCATCTATTCCCGAATTTT...
XM_057909090.1
ATTCTGCAAATCTACCTGTTTTCCGTCGGCTTACTCAGTGAGCTTGGCTTGGGTAAAGGTTAGGTTGTTGATGGACAGCTATGAATGTGTTTTTGCTTGCGACATTTATTACGGGAATCTATCAGCAGAGAATGGAAACAACACAGCATCTGAAACATCTTTTATACCTGATGACTCGTTTCTCCCAGCGTAGTGGCCCCGTGGGTGAGGAGATACAACTGGTGGCAAAAGAATCAGAAATTTTGTGGTTAGGCGAAGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130985913
ATGGGAAGAGCGTGTGATTTCTCAGAGAAAGGGCAGCCGCATTGTTCACTTTACCTTAAGGGACTCTACTGGGAGTTACCTCCTTGTTGTGGTCGGGGTAGAGAGGAATGCAAATTGTATAATCTATTTGCCGACTGGGGACTACTTACGAGCCTTTGGGTCCACGAGCCTGGAACAAGGTGGAAATCAAGAAAAAGTGTCATCAAGTTTCTCACATCAGTGACCTCAGGAAGCAGCTCAATCTTTGCAGATTCAAATTG...
LOC130985913
ATGAATGTGTTTTTGCTTGCGACATTTATTACGGGAATCTATCAGCAGAGAATGGAAACAACACAGCATCTGAAACATCTTTTATACCTGATGACTCGTTTCTCCCAGCGTAGTGGCCCCGTGGGTGAGGAGATACAACTGGTGGCAAAAGAATCAGAAATTTTGTGGTTAGGCGAAGCTTGGATATGCAGCAAGCAGCTGAAGCATTATCCAGCTTTTTGCAGGAATGAAACTAAGATACCTGTACATTCAGTAGTATG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057765072.1
MGRACDFSEKGQPHCSLYLKGLYWELPPCCGRGREECKLYNLFADWGLLTSLWVHEPGTRWKSRKSVIKFLTSVTSGSSSIFADSNWILQIYLFSVGLLSELGLGKDQQRMETTQHLKHLLYLMTRFSQRSGPVGEEIQLVAKESEILWLGEAWICSKQLKHYPAFCRNETKIPVHSVVWILGGREKDYLGYVEDMYETLQGEKMVRVRRFLFHEDIKHLIPELCSESREVFITSTEEHLSAKDIDGLASVLAPSHFKKC...
XP_057765073.1
MNVFLLATFITGIYQQRMETTQHLKHLLYLMTRFSQRSGPVGEEIQLVAKESEILWLGEAWICSKQLKHYPAFCRNETKIPVHSVVWILGGREKDYLGYVEDMYETLQGEKMVRVRRFLFHEDIKHLIPELCSESREVFITSTEEHLSAKDIDGLASVLAPSHFKKCDEVLPLSLSFKNFMCHREFKKKSVSAFNFTEFCGYSAQPVLTSLKYYIPGPSDGRENSTEEVDECGPQSEATKTCKRIKILSVDQTVSGGDDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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