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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001219

染色体: Chr05 坐标: 10222376-10223755 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001219
名称SmilChr05G001219
描述TPD1 protein homolog 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10222376 - 10223755 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985916
GeneID130985916
locus_tag-
NCBI NameLOC130985916
原始查询SmilChr05G001219

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TPD1 protein homolog 1-like
产物TPD1 protein homolog 1-like
ArabidopsisAT1G32583 (AT1G32583)
tapetum determinant protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766880]
identity=59.2; qcov=0.722; evalue=3.82e-51; confidence=high
RiceOs12g0472500 (OsTDL1A)
-
identity=52.3; qcov=0.594; evalue=2.03e-37; confidence=medium
GOGO:0001709 (cell fate determination)
KEGG-
PfamPF24068 (TPD1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057765076.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057765076.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765076.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765076.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765076.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10222510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr5:10222519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:10222558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B118,B7,C11,C69
Chr5:10222573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B63,B79,C54
Chr5:10222611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr5:10222750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B118,B7,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057765076.1
180 aa
N
1
90
180
TPD1_C
C
PF24068 TPD1_C 82-180 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057765076.1 Pfam PF24068 TPD1_C Domain 82 180 1.6e-40 137.8 Tapetum determinant 1, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909093.1
TGATAATATTGTATGTAATTAATTTATAGTGACAGGAAGATTGAAGCGTGCAGACTGCAATAAGTAATGCTTCCCCGTTGCTATAAATTGGACAGACCCTTCCGATAAGATTCACAGACGCGCGACCACGATTTTTTTTCTTTTCTTCAGTACTTTCCTGATGAGAAGCAGAGGTGAAATGCTTTGCGGTTTTGCTCTTCTTGTTACGGCCCTTCTCGCCGTTGTTGGTATTGATGGTGCATCGAAACCCGTTCATGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985916
ATGAGAAGCAGAGGTGAAATGCTTTGCGGTTTTGCTCTTCTTGTTACGGCCCTTCTCGCCGTTGTTGGTATTGATGGTGCATCGAAACCCGTTCATGGAAGCGGCAGTGAAGAAGTAGTAGTATTTCCCAAGGAGAAGGAAAATTATCCCAGAAACTTGTTCATCTCTCCCAACACTACTACTACTACTGAAATACAGGAGGTGGGGCCGGAGCGGATCGGTATGGGCGGCGAGATGGGGTGTTCCAAGGACAGCATCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765076.1
MRSRGEMLCGFALLVTALLAVVGIDGASKPVHGSGSEEVVVFPKEKENYPRNLFISPNTTTTTEIQEVGPERIGMGGEMGCSKDSILVFQGATSPLPSGIPTYSVNVENVCLSESCSISDIHLSCGWFSSARTINPTIFRRLNYDDCLVNDGQPLNPGESISFQYANTFPYPLSVSSVSC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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