Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001227

染色体: Chr05 坐标: 10358360-10359964 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001227
名称SmilChr05G001227
描述uncharacterized SmilChr05G001227
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10358360 - 10359964 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130985925
GeneID130985925
locus_tag-
NCBI NameLOC130985925
原始查询SmilChr05G001227

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834814]; symbol=AT5G47635; hit=AT5G47635; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834814]; symbol=AT5G47635; hit=AT5G47635; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G47635 (AT5G47635)
Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834814]
identity=43.9; qcov=0.8; evalue=5.78e-31; confidence=medium
RiceOs10g0208600
-
identity=42.3; qcov=0.83; evalue=3.18e-26; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130985925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057765087.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057765087.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057765087.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057765087.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057765087.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10358490 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr5:10358490 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr5:10358633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C70
Chr5:10359492 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 5 B129,C19,C21,C31,C41
Chr5:10359492 C CA 1bp_insertion CDS_variant 5 B129,C19,C21,C31,C41
Chr5:10359582 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B56,B6,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057909104.1
GGTGCAAAATTAATAAAAATTGTATAATTGAATTAATATAATGAAAAAATATATATTAGTATAAGTTGGGGGGGCAAACATGAAATGAGAGTTTGGTGAAGAGCAGAATGGAAATATCAAAATCCACGAAAAGGGCATGTGAACCATGCACGCCATATAAAACCCAAAGGTGGTGTGGTAGCTTCCCCTTCATTATCGCTTCATCCTCTTCTTGCTTTCTAACAAAGTTTATATATACGAGAATTGAATTGAATTGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130985925
ATGACTAATTATTTATTAATTCCGATCTTCATCTTCATCCTCCTTCAACGTCCTGTCCTTGGGAGTTGGGATTTGTTGAGCGAATTATCCGGCAGGGAAGAGTTGGTGCAGTGGGCTGGTTATGGCGAAGATAAGCTCTCCACCGTCGTCATCACCGGCACTATTCTTTGCAACGCCGCCGACTTACCTTCGATCAATACTCATCCTGTCTCAGGCGCAAGGGTGAGTGTTATGTGCGGCAGCGGCACGAAGAAGAAGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057765087.1
MTNYLLIPIFIFILLQRPVLGSWDLLSELSGREELVQWAGYGEDKLSTVVITGTILCNAADLPSINTHPVSGARVSVMCGSGTKKKWSTAKGSTDVSGKFAIDLPSHLHAIPNLERVCHVRVVHLPLTSPCRKACAAKHNKAIALSSVDQGIRTYTTHNIHLNRI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器