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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G001230

染色体: Chr05 坐标: 10372575-10373620 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G001230
名称SmilChr05G001230
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向10372575 - 10373620 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025505
GeneID131025505
locus_tag-
NCBI NameLOC131025505
原始查询SmilChr05G001230

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
Arabidopsis-
-
RiceOs10g0432200
-
identity=29.5; qcov=0.861; evalue=5.88e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025505

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811283.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811283.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811283.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811283.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811283.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:10372579 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 19 A25,B10,B101,B111,B12,B131,B132,B135,B136,B140,B2,B37,B48,B61,B70,B8,C50,C72,C81
Chr5:10372599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr5:10372601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr5:10372627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B98,C32,C33,C68
Chr5:10372635 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B27,B55,B68,B72,B9,C20,C70
Chr5:10372639 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 9 B123,B134,B138,B21,C39,C62,C68,C87,D10
Chr5:10372702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C30
Chr5:10372780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr5:10372781 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 3 A18,B8,B88
Chr5:10372781 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 3 A18,B8,B88
Chr5:10372784 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 3 A18,B8,B88
Chr5:10372784 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 3 A18,B8,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955300.1
ATGCATGAATCAAAGTGTGTCACAGTGCCTCTAGCTGTTCATCTTCAACTCTCAGATAACCAGAAGCCGAAGAATGATGCAGAGAGACACCAAATGGAGAAAATACCTTACTCAAATCTGGTGGGAAGCTTGATGTACACAATGGTATATGGTGGATCCTGGAAGAGAGCATTGAGAAGCTCTCAAGAAGGTGCTGAGGTATCTAAAAGGCAGTGCAGACAGAGCTATATTGTTCCAGAGGAAGGAAGATATCAGAGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025505
ATGCATGAATCAAAGTGTGTCACAGTGCCTCTAGCTGTTCATCTTCAACTCTCAGATAACCAGAAGCCGAAGAATGATGCAGAGAGACACCAAATGGAGAAAATACCTTACTCAAATCTGGTGGGAAGCTTGATGTACACAATGGTATATGGTGGATCCTGGAAGAGAGCATTGAGAAGCTCTCAAGAAGGTGCTGAGGTATCTAAAAGGCAGTGCAGACAGAGCTATATTGTTCCAGAGGAAGGAAGATATCAGAGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811283.1
MHESKCVTVPLAVHLQLSDNQKPKNDAERHQMEKIPYSNLVGSLMYTMVYGGSWKRALRSSQEGAEVSKRQCRQSYIVPEEGRYQRSQSGYIFTLFGSAVSWKSSLQSVVALSTTEAEYMAATEAVKEAVWLKGLVHDFGIEESSLIIKFVYSDEEWFTLAELSESELTPEPESELIHRVHIPESTHRVNTPESEFRSRAV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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